南波博士首次登场于神秘的宝可梦，X中，他捕捉洛奇亚并控制了它，最后在小智一行人的阻扰下他的计划失败。后来南波博士一直派遣亚马多和小三郎去捕捉某种宝可梦去研究，但常常被小智一行人和火箭队三人组遇到，计划总是被小智一行人阻扰和火箭队三人组搅局。很多人都会叫错他的名字，他也讨厌别人叫错他的名字，亚马多和小三郎只要叫错他的名字，他不知道是何原因得知的，都会打电话去纠正，有一回武藏叫错他的名字也被他打电话纠正。

在宝可梦搜查网，寻找大木博士，他研究如何让宝可梦感染宝可病毒应用到增强宝可梦能力的实验中，去让亚马多和小三郎绑架大木博士。之后大木博士与他视频通话，要求他把他所知道的宝可病毒一系列内容告诉他，但大木博士并不想告诉他，最终计划被阿弘一行人阻挠。