位于长兴、横沙两岛南侧，北纬31°16′～31°23′，东经121°31′～121°50′。西起吴淞口，东至九段沙西端，长约40公里，平均宽6公里。19世纪初长兴、横沙两岛形成以后，南支水道分汊为南、北港，因位于两岛南侧，故名。南港水道原东至长江口灯船，长103公里，民国34年(1945年)以后南水道在九段沙以下分汊为南、北两槽，南港水道遂成现今之状。1958年前原为单一河槽，水深在12米以上，1958～1971年间，瑞丰沙嘴和江亚南边滩迅速淤涨成为复式河槽。现航道维护水深7.4米，宽近400米。南港水道是长江主要的入海通道，可通航万吨级船只。