尚书韩𧨳上疏，提出休养军队，修炼兵器，扩大农耕，积储粮食，审核户籍、增加军资等建议，慕容德采纳了他的建议，派车骑将军慕容镇率领三千骑兵，沿着边界严密地设防，防备老百姓逃跑。任命韩𧨳为使持节、散骑常侍、行台尚书，巡行到各郡县进行审核，查得佃客五万八千人。韩𧨳公正廉洁，到了哪里都是在野外住宿，不打扰当地人民。慕容德大规模地聚集儒生，亲自策试。

当时东晋桓玄准备篡夺东晋政权，诛杀不归附自己的人。冀州刺史刘轨、襄城太守司马休之、征虏将军刘敬宣、广陵相高雅之、江都长张诞都心里不安，全部投奔了慕容德。大家都认为桓玄刚刚得志，不能攻打他，便作罢。于是在城西讲习武艺，共有步兵三十七万，战车一万七千乘，骑兵五万三千，人马连山，旌旗遍野，釭鼓声震天动地。不久就听到了桓玄失败的消息，慕容德任命慕容镇为前锋，慕容钟为大都督，用二万步兵，五千骑兵，限定日期出发，但慕容德恰巧生病，便停止出兵。

当初，慕容德派人去长安接他哥哥慕容纳之子慕容超，义熙元年（405年），慕容超才被接回南燕。慕容德下诏立慕容超为皇太子，大赦境内。当月，慕容德去世，时年七十岁。连夜做了十多口棺材，分别从四个门抬出，秘密地安葬在山谷里，最终无人知道他的尸体葬在什么地方，对外谎称葬于东阳陵。慕容德共在位五年，谥号献武皇帝，庙号世宗。

义熙元年（南燕建平六年，405年），慕容德去世，慕容超即皇帝位，大赦境内，改年号为太上。尊崇慕容德的妻子段氏为皇太后。任命慕容钟为都督中外诸军、录尚书事，任命慕容法为征南、都督徐、兖、扬、南兖州四州诸军事，慕容镇加任开府仪同三司、尚书令，任命封孚为太尉，鞠仲为司空，潘聪为左光禄大夫，封嵩为尚书左仆射，其余人封授官爵各有不同。后来又任命慕容钟为青州牧，段宏为徐州刺史，公孙五楼为武卫将军、兼任屯骑校尉，内参政事。慕容超刚即位，害怕慕容钟的权势大自己受到威胁，就拿此事去问公孙五楼，公孙五楼想专断朝政，不想让慕容钟等人在朝廷里，多次说了离间的话，封孚的意见到底没有采纳。慕容钟、段宏都有不平的神色。公孙五楼和他们二人的仇怨渐渐地产生了。

慕容超很怨恨慕容法，在言谈脸色上都显现了出来。慕容法也很愤怒，把慕容超安置在客舍里，因此二人结怨。慕容德死时，慕容法又不奔丧，慕容超派人去谴责慕容法。慕容法常常害怕灾祸到来，因此就和慕容钟、段宏等人谋反。慕容超知道后征召他们，慕容钟称病不来，于是慕容超把他们的同党侍中慕容统、右卫慕容根、散骑常侍段封抓起来杀了，在东门外车裂了仆射封嵩。西中郎将封融投奔北魏。

慕容超不久以后就派慕容镇等人攻打青州，慕容昱等人攻打徐州，慕容凝、韩范攻打梁父。慕容昱等进攻莒城，攻了下来，徐州刺史段宏投奔北魏。封融又招集盗贼们袭击石塞城，杀死了镇西大将军余郁，青州一带的人都很害怕，人人心里有着别的想法。慕容凝策划杀死韩范，准备袭击广固。韩范知道了，攻打慕容凝，慕容凝逃往梁父。韩范兼并了慕容凝的军队，攻打并攻陷梁父，慕容凝投奔姚兴，慕容法出逃北魏。慕容镇攻克青州，慕容钟杀了自己的妻子儿女，挖地道出了青州，独自骑马投奔姚兴。

当时慕容超不关心政事，喜爱出游围猎，百姓深受其害。他的仆射韩𧨳直言极谏，慕容超不采纳。慕容超打算恢复肉刑和九等官制，群臣的意见大多数不同意，慕容超才作罢。当时公孙五楼为侍中、尚书，兼领左卫将军，专擅朝政，他哥哥公孙归为冠军、常山公，叔父公孙颓为武卫、兴乐公。公孙五楼的宗族兄弟都在慕容超左右辅助国政，王公内外没有不惧怕公孙五楼的。

409年，慕容超不顾臣下的劝阻，冒然出兵南下，进占东晋所管辖的城池，掠夺居民，并以晋人2500人补作伎人。不久慕容超又派公孙归率领骑兵3000人攻入济南，捉拿东晋所设太守赵远，再掠男女千余人。南燕向东晋点燃了战争的烽火。

409年三月，刘裕在东晋朝廷内力排众议，主张大军北伐南燕，收复山东失地。四月，刘裕率领晋军从建康出发，自淮入泗，向山东进发，五月进抵琅琊。得知晋军北伐，慕容超召集群臣商量对策。多数将领主张力守大砚山（今山东临朐县东南），拒敌于险关之外，然后坚壁清野，腹背夹击。由于大砚山地势险要，本是南燕的一道天然屏障，如果据险而守，把住南大门，晋师北进决非易事。但是慕容超不听诸将之言，自认为：“今据五洲之强，带山河之固，战车万乘，铁马万群，纵令过砚，至于平地，徐以精骑践之，此成擒也。”慕容超狂妄自大，又无将略，抛弃了臣下合理的作战方案，放开大砚山，使晋军不费吹灰之力就通过大砚山，然后直抵临朐。六月，晋军与南燕主力在临朐南展开决战，刘裕乘南燕后方空虚，出奇兵袭取了临朐城，造成南燕军心动摇，大败而逃。临朐一战，南燕主力被彻底击垮。临朐之战后，刘裕乘胜追击，直向广固，夺取并占领了广固外城，慕容超余众被围困在广固城中。刘裕筑起长围，围高三丈，四周水泄不通。慕容超已成了瓮中之鳖。但他仍坚持抵抗。晋军四面围合，毫不放松，同时又连续攻下临沂郡县，抚纳降附，争取了南燕居民的归顺。

义熙六年（410年）正月，慕容超死守广固已达半年，城中之人相继降晋。二月，南燕尚书悦寿开门纳晋师，慕容超率数十骑突围，被晋军擒斩。刘裕数说慕容超不投降的罪状，慕容超神色自若，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣而已。慕容超被押送到建康（今江苏南京），南燕就此灭亡，慕容超在街市被斩首，时年二十六岁。慕容超死后无谥号、庙号，有史家称他为南燕末主。

南燕的国土，东到大海，南达泗上，西至巨野泽，北临黄河，共有十五个郡、八十二个县，约三十三万户，基本上就是原西晋的青州。

统治范围包括今山东、河南、江苏各一部分。当时，南燕的疆域西起平原，南至琅琊，东到北部临海，囊括了今天山东的大部分地区。而当时北魏占据了山东的德州、乐陵一线，与南燕接壤；东晋仅仅守住了今山东的西南一角，连到临沂南部，与南燕交界。

南燕领地均在山东境内。慕容德将南燕国土一分为五：青州，治所设在东莱（今山东省莱州市）；幽州，治所设在发干（今山东省沂水县）；徐州，治所设在东莞（今山东省莒县）；兖州，治所设在梁父（今山东省泰安市）；并州，治所设在阴平（今江苏省沭阳县）。所以南燕官方在提到本国疆域时，常自称“五州之地”。国都广固城设有燕都尹。

南燕是后燕鲜卑族慕容氏等军事贵族残余势力所建立的政权。慕容氏军事首领是南燕政权的核心。在随慕容德进入山东的数万军民中，大部分是鲜卑族人，但也包括为数不少的河北（指黄河以北）豪族，他们与青齐土著居民交错生息在南燕政权的管辖区内，形成了复杂的居民构成，即“胡汉结合”的局面。

鲜卑族慕容部的汉化程度比较高，他们占据中原以后，采取了胡汉结合的政策，积极仿行魏晋的各种制度，提倡以儒学为中心的汉族文化。南燕政权建立后，这种汉化趋势又有了进一步的发展，民族矛盾缓和了。在整个南燕时期，在青齐定居的各族人民之间未发生大的纠纷。汉族人民也不鄙视和排斥汉化的鲜卑人，这种和睦共处的局面，反映了这一时期民族融合的大好形势。

南燕政权的官制，基本上是仿行魏晋。就文官而言，其地位最高的是三公，即太尉、司徒、司空，他们多是德高望重的宗室贵族或元老重臣，而实际执掌政事的是尚书令即左右仆射。中书令是参与机密枢要的重臣，地位在尚书令下。中书令以下，仿晋制设中书侍郎。武职的设置大致与晋相同。皇帝以下的最高军事长官是“都督中外诸军事”，其次是“都参军事”，设有各级将军称号。

地方机构沿用州郡县三级制，由于南燕辖区不大，广固既为都城，青州刺史移治东莱（今莱州）；兖州大半仍在东晋控制之下，南燕所设兖州刺史则治于梁父（今新泰西）；徐州刺史治莒城，管辖范围大体为今天的临沂地区。

慕容德占据青齐之后，实行了避战求全、养精蓄锐的方针政策，尽量避免与北魏和东晋发生大的战争，但却非常重视军事操练，培植精锐部队，建立了一支比较强大的军事力量。然而，南燕政权的强盛稳定并未维持多久，晋义熙元年（405年），慕容德病死，立其兄子慕容超为王，形势急转直下。早在慕容德在世时，南燕政权内部就发生过两起政变，出现过严重的危机。这两起政变虽然都迅速被平定，但反映出南燕政权内部的矛盾和斗争。慕容超即位的第二年，朝内又发生了大动乱。公孙五楼欲篡朝政，迫害大臣，从而引起青、兖、徐三州守官反叛。青州慕容钟、兖州慕容法、徐州段宏，联合起来反抗慕容超，还有其他一些地方叛乱，一时四方大乱。最后慕容超虽然控制了局势，但已元气大伤。一批涉嫌重臣被杀，大多数反叛首领纷纷逃出南燕，有的投奔北魏，有的投奔后秦。而此时的南燕政权中，由于公孙五楼身居侍中、尚书、领左卫将军等要职，大权独揽，专横跋扈，引起人民的不满，南燕朝内乌烟瘴气，一派混乱。慕容超本人也是“不恤政事，畋游是好，百姓苦之”，而且他又“好变更旧制，朝野多不悦，又欲复肉刑”，南燕政权的内在危机已经暴露出来了。再加上南燕又不时对外用兵，激化了与东晋的矛盾，这为后来东晋对南燕用兵埋下了隐患。

南燕政权最初立足山东时，对随迁的上万民户实行了不收租赋，不征徭役的优惠政策，确实起到了安定迁徙之民的作用。但随着政局的稳固，却出现了荫冒户籍，避漏课役的现象。随着民户的游离附着，南燕政府的编户明显减少，财政收入降低。对此，慕容德采取措施，清查户口，把隐漏的财富收归政府，使南燕政府的经济实力大大增强。

慕容德在世期间，始终把儒家礼仪学说作为重要的施政方针，所以他大力推行以儒学为中心的汉族文化。慕容德称帝时，当即建立学官，设大学生，并聚集诸生，亲自第试，立志要恢复昔日全盛的齐鲁之学。慕容德还提倡直言，反对虚伪的奉迎，所以他统治的时期政治比较开明。

注：①慕容德前燕时被封为梁公，范阳王，后燕时复封范阳王，396年北魏陷后燕都城中山后，慕容德率众迁滑台。398年称王，400年迁广固，称帝，405年病死。

②慕容德立慕容超为太子，德死，嗣位，410年为东晋刘裕所败，俘送于建康而杀之，南燕亡。

③慕容德是皝之少子；慕容超是德之同母兄北海穆王慕容纳之子。