南苕溪古可通航。南宋《咸淳临安志》载：“溪多滩碛，退水涨可用二十斛舟。”清末至民国初年，一度通航兴旺。1964年青山水库建成后，上游竹筏放运中断。1997年青山航道开航，自青山镇大园里经余杭、瓶窑镇，连通大运河，可通60吨级船舶。

以前南苕溪溪道多湾，叉道丛生，桀骜不驯，变迁频繁，一遇洪水，殃及民众。史志文献记载，12-20世纪的780年中，大的洪灾20余次，平均35年一次。仅光绪年间就有4次大水，先后将杨岭乡的千家村和董家村夷为溪滩(即杨家滩)。1922年“壬戌水灾”，又将甘棠堰上螺蛳塘村全部冲毁，南苕溪主流由竹林桥改道至思古桥。

建国后，治理南苕溪成为水利建设的重要目标。1964年建成大型防洪工程青山水库，1973年兴建中型防洪蓄水工程里畈水库，并建成小型水库43座以及大批山塘，有效地调节了洪峰，增强了抗旱力。尔后，对南苕溪全线进行治理，拉直100多个大小弯兜，建成防洪大堤35公里，配套堰坝17条，水闸27座，渠道61公里。20世纪90年代末又开始整治城镇周边的水环境，完善、提升河道的防洪能力。整治后的南苕溪，堤坝以浆砌块石整齐地修葺一新，在临安市区四个亲水平台拉近了市民和苕溪水的距离，堤岸上白玉扶栏，造型别致的亭台、假山、路灯点缀其间，还有大片如茵的草坪，南苕溪临安城镇段容颜大变让人刮目相看。