南通市中医院是“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。先后获得“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“省文明医院”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省、市医院管理年活动先进单位”、“南通市服务经济建设最佳单位”、“市十佳医院”、“无红包医院”等称号。

医院连续12年实现跨越式发展，每年以20%左右的速度发展。2005年6月，医院成功地承办了“首届全国著名中医药学家传承高层论坛”，30多位国家级著名中医药学家及近千名代表齐聚盛会共商传承发展中医大计。国家中医药管理局前局长佘靖、副局长马建中、医政司长许志仁等领导先后到南通市中医院视察，充分肯定了南通市中医院的跨越式发展。