更新时间：2023-08-09 00:43
由于南部晴政一直无子，因此将女儿嫁给信直让其成为养子。然而至1570年时，晴政的长子南部晴继诞生，由于晴政是老来得子，因此十分溺爱晴继。信直担心自己非晴政亲生骨肉，日后晴政为了让晴继继承家督时会铲除他，身感危险便自行辞去晴政养子的名义。（此理可由日后的丰臣秀吉与丰臣秀次事件可知。）
1582年，南部晴政死亡，由南部晴继继承家督，但同年内遭到不明的暴汉集团暗杀。有说法是信直正是幕后主导者，甚至说是信直引起内乱，杀死了南部晴政父子，但真相依然不明。
晴继死后，九户政实便推举其弟九户实亲继承家督（因为实亲的夫人也是南部晴政的女儿），而南长义和北信爱则是推举信直，最后由信直继承家督。九户政实怀恨在心，家中一直处于不稳的状态。
1586年，灭亡了高水寺斯波氏扩大势力。1587年，派遣北信爱向加贺国的前田利家表示对丰臣政权的臣服。1590年，参与丰臣秀吉的小田原征伐，此时南部家的叛臣津轻为信也有参阵。
小田原征伐结束后，丰臣秀吉开始进行奥州仕置，其中最让信直难堪的就是承认津轻为信是独立大名，信直向秀吉上诉，认为为信是从南部家背叛出来的势力，又违反了惣无事令（禁止大名间私斗之令），没有理由成为大名，但为信也靠着在丰臣家中的私交（如织田信雄、丰臣秀次、石田三成）以及秀吉不愿让单一势力领地过大的情况下，驳回了为信叛乱的说词，但有额外配给几郡领土给南部家作为补偿，让信直不得不接受这个事实。之后秀吉因奥州仕置而远征东北时，信直便与浅野长政共同担任先锋。
1591年，九户政实叛乱，史称九户政实之乱，也是丰臣政权之下国内最后一战。由于秀吉集结了许多东北地区的大名（包含津轻为信在内）平定该乱，因此迅速的就被镇压，政实与实亲兄弟被以谋反人的身分被处刑。讨伐九户氏后，秀吉便命令蒲生氏乡去修筑九户城，之后信直也将本据地从三户城移到九户城，并将九户城改名为福冈城。
从肥前国回国后，便开始巩固领地内的治安与建设，以及欲在盛冈建筑新居城。由于领地在九户政实之乱后有再做调整，变得与伊达氏的领地有衔接，信直知道伊达政宗是个狡猾的野心家，所以才将新居城的地点定在盛冈以防伊达政宗的侵略，而在1600年关原之战时期，伊达政宗也的确煽动和贺忠亲在南部领地内引起一揆的行动来看，证明信直的顾虑是正确的。
1598年，丰臣秀吉去世后，开始接近德川家康。1599年，盛冈城开始动工，同年10月5日于福冈城病死，享年54岁，法名“常往院殿前光录大夫江山心公大居士”，墓所于青森县三户郡南部町的三光院。
晚年受中风所苦，为了拜见秀吉及从军朝鲜出兵而西行非常辛苦。死前写信跟长女千代（八户直荣之妻）提醒说“最重要的是，要多吃海藻类食物，如海带等等的来保持身体健康。”。
《津轻风云录》 - 长部日出雄著