学院前身是原张仲景国医大学。

1993年，经原国家教委批准并入南阳理工学院成为国医国药系。

2009年起，学院与浙江中医药大学、河南中医药大学、南京中医药大学等院校联合培养研究生，并招收留学生。

2015年，更名为张仲景国医国药学院。

2017年，中医学专业通过教育部专业认证，教育质量达到国家医学教育标准；中医学专业、食品科学与工程专业获批河南省专业硕士建设培育点。

2021年，食品科学与工程专业通过教育部工程教育专业认证，教育质量达到国家工程教育标准。

截至2024年6月，学院专任教师109人，具有博士学位教师58人、教授17人、副教授19人，双师双能型教师占80%。全国名老中医5人，全国中医临床优秀人才4人，河南省中原科技领军人才1人，河南省教学名师、河南省高层次人才各1人，河南省学术技术带头人2人，河南省优秀教师2人，河南省教育厅学术技术带头人5人，省级重点学科带头人5人，南阳市学术技术带头人5人，校学术带头人2人，淯阳学者4人，校青年学术骨干7人，博士研究生导师1人，硕士研究生导师5人。同时学院外聘院士、国医大师等知名专家36人。此外，中医临床基础教研室、西医临床教研室、食品工艺教研室、中药教研室获批河南省优秀基层教研室组织，中医内科学教学团队为校级优秀教学团队。