如今的南鱼沼市的市域，是1889年4月（明治22年）实行町村制而产生的37个村，经过“明治大合并”，1906年（明治39年）集约为12个村。

在被称为“昭和大合并”的时代，从1956年（昭和31年）到1957年（昭和32年）的合并，形成了旧大和町(1962年4月由村改为町制实行)、旧六日町、旧盐泽町。

2004年11月1日（平成16年）六日町和大和町合并实行市制，诞生了“南鱼沼市”，2005年10月1日(平成17年)，南鱼沼市将盐泽町编入合并，成为新生的“南鱼沼市”。