博多南站是山阳新干线延伸路线、博多南线的终点站，车站位于博多综合车辆所境内西侧，是配合JR西日本将原本的新干线回送接驳线增加客运用途之后，所新设的车站。

车站本身虽然位于春日市，但是一般旅客并无法经由车站出口直接前往春日市，主要出口连结的博多南站前大厦及附属的旅客转乘设施皆是位于那珂川市。

在硬件设施上，博多南车站虽然是以新干线标准所设计，但受限于月台长度，列车是8节车厢的短编组版本500系、700系及N700系，全车为不对号的自由席。进出本站的列车票价等级清一色都比照在来线特急列车，博多车站至本站单程全票仅300日圆（包括乘车券200日圆、特急券100日圆）。至于管理上，博多南车站虽然是由JR西日本所管辖，在2010年3月31日前相关的业务曾委托由JR九州负责，自博多车站指定站务人员至本站值勤，但目前已改由JR西日本直接派员常驻，并设有绿窗口。原本为了委托经营的票务工作而由JR九州设置的旅行服务中心，在绿窗口启用的同时也一并裁撤。