更新时间：2024-09-01 05:57
俱乐部成立于1903年，由卡尔·蔡司（Carl Zeiss）光学仪器厂的工人得到公司的支持所建立的球队，最初命名为卡尔蔡斯厂足球俱乐部。俱乐部在1911年将名字改为“Fussball Club Carl Zeiss Jena e.V.”，1917年3月再次改名为“1. Sportverein Jena e.V.”。
二战结束后不久，东德当局偏好将社会主义英雄的名字冠名在体育运动队上，卡尔蔡斯耶拿足球俱乐部曾被挂名恩斯特·阿贝体育俱乐部。 德国物理学家、光学家恩斯特·阿贝是卡尔蔡斯的合作人，早年为工人阶级争取八小时工作制制度，成为19世纪劳动阶级的里程碑。为了纪念阿贝，球队的体育场就以恩斯特·阿贝所命名的。
二战之前
在1933年，球队加入了Gauliga Mitte联赛，Gauliga Mitte是16支高水平球队形成的在第三帝国属下的德国足球组织。球队在1935年、1936年、1940年和1941年4次获得了这个联赛的冠军头衔。取得了全国决赛的资格，但是球队的战绩不是很理想，从来没有从小组赛出线过，在1943-44年的赛季球队退出了Gauliga Mitt联赛，因为二战的战火燃烧到了耶拿。
东德时期
战争一结束，同盟军占领德国，德国所有的协会包括体育足球俱乐部都被禁止活动。耶拿在1946年6月得以从建，成立了“恩斯特·阿贝体育俱乐部”，就像许多其他东德俱乐部，球队的队名被改变成一些富有革命性的名字，分别包括“SG Stadion 耶拿”（1948年10月）、“SG 卡尔蔡斯耶拿”（1949年3月）、“BSG Mechanik 耶拿”（1951年1月）、“BSG Motor 耶拿”（1951年5月）和“SC Motor 耶拿”（1954年11月）。
在1950年，俱乐部成为东德足球乙级联赛的创始球队，在球队的第二个赛季就取得了乙组联赛的冠军头衔得以晋级东德最高水平的联赛的东德足球甲级联赛，球队在甲级赛场就出现了一个赛季。1954年球队更名为“SC Motor 耶拿”，1957年球队重返甲级联赛。耶拿队的首个冠军荣誉是在1960年球队夺得了东德杯的冠军头衔。球队在1966年1968年和1970年东德联赛的冠军，并且6次得到联赛亚军。除了联赛的荣誉，球队还在这一时期夺得了1972年,1974年和1980年东德杯的冠军头衔。 俱乐部在1981年杀入了欧洲优胜者杯的决赛，但是在决赛中1:2惜败给了第比利斯迪纳莫。
统一之后
1990年两德统一之后，耶拿被安排在德国足球乙级联赛中。球队在1992年取得了联赛第二名的佳绩，但是到1994年球队的战绩迅速下降到了联赛第17名而降级到了第三级的德国北区联赛。不过球队很快再次晋级到了德乙联赛并且参加了数年的。但在1999年之后，球队再次掉到了德国第三级联赛（德丙）和第四级联赛（德丁），经过几年低级别联赛的滚打，在2006-07赛季球队终于以北部联赛第二的成绩安心的再次升入德乙联赛。
但2008年5月6日，耶拿在客场0比5惨败给奥厄之后，成为07-08赛季第一支降级的球队。再次降入德丙。
2024年8月29日，德国杯第1轮，耶拿0-1被勒沃库森淘汰。
卡尔蔡斯耶拿足球俱乐部先后向东德国家队输送了33位国脚。
Konrad Weise：出场86次（1970-81）Eberhard Vogel：出场74次（1962-76）Peter Ducke：出场68次（1960-75）Lothar Kurbjuweit：出场66次（1970-81）Rüdiger Schnuphase：出场45次（1973-83）Harald Irmscher：出场41次（1966-74）Roland Ducke：出场37次（1958-67） 在第二次世界大战之前，耶拿队向德国国家队输送了3位德国国脚（Willy Krauß，1911-12年、Heinz Werner，1935年、Ludwig Gärtner，1939-41年）
两德统一后，卡尔蔡司耶拿足球俱乐部最著名的青训产品包括罗伯特·恩克（1996年转会至门兴格拉德巴赫）和伯纳德·施耐德（1998年转会至法兰克福）。
国家级荣誉
东德联赛
冠军：1963, 1968, 1970
亚军：1958, 1965, 1966, 1969, 1971, 1973, 1974, 1975, 1981
第三名： 1977, 1979, 1980, 1983, 1986
东德杯
冠军：1960, 1972, 1974, 1980
地区联赛（东北）
冠军: 1995（当时的第三级联赛）
地区联赛（北）
亚军: 2006（同样当时是第三级联赛）
NOFV-Oberliga（南部地区联赛，2008年之前是德国第四级联赛）
冠军: 2005
亚军: 2003, 2004
第三名: 2002
洲际级荣誉
优胜者杯
亚军：1981
国际托托杯
分组冠军：1986, 1987, 1988
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