卡洛·埃马努埃莱二世在都灵出生，他是萨伏依公爵维托里奥·阿梅迪奥一世和法国的克里斯蒂娜·玛丽的次子。他的外祖父母是法国国王亨利四世和他的第二任妻子玛丽·德·美第奇。1638年，卡洛·埃马努埃莱的哥哥，萨伏依公爵弗朗切斯科·贾钦托因病去世。年仅4岁的卡洛·埃马努埃莱继承了萨伏依公国，并由其母摄政。但卡洛·埃马努埃莱甚至于1648年成年后还依旧让她的母亲继续执政。他自己则过着远离国家政务的逍遥生活。

1655年，卡洛·埃马努埃莱对瓦勒度派进行了一系列的惨绝人寰的大屠杀，他也因此事臭名昭著。屠杀是如此的惨烈以至于英国诗人约翰·弥尔顿都为此事写了十四行诗。听闻此讯的奥利弗·克伦威尔甚至提议如果大屠杀依旧没有停止，那么就要派遣英国海军前去干预。然而，1655年的大屠杀只是一系列冲突的开始，瓦勒度派的反政府者还在此后的战争中利用游击战术抵抗公爵的军队。