海域四周各岛多山地，海岸多岩石岸。莱特岛西岸、保和岛北岸和宿务岛东岸有一些岸边小平原。中部有卡莫特斯群岛。保和岛以北为广阔的浅海区，20米等深线离岸远达22千米，其余岸段200米等深线离岸很近。海域深于200米的深海区占海域总面积的80%以上，在卡莫特斯群岛南北各有一个深海盆，南面的深815米，北面最深达854米，是本海域的最深点。因海域北部出口处和中部卡莫特斯群岛附近多沉船，北部航道中间有不少浅滩，其最浅处深度仅5.6米，对航行十分不利。

海区属热带海洋性气候，终年炎热。5～10月为雨季，11月至次年4月为旱季。年均降水量2000～3000毫米。

卡莫特斯海是菲律宾的内海，沿海各岛盛产热带经济作物，森林面积广阔，资源丰富，海域内盛产热带鱼类。但地区经济滞后，沿岸缺少大的港口。