卢兴祖，汉军镶白旗人。顺治三年，由国子监官学生授工部启心郎。顺治九年，命增设汉军巡城理事官五人，兴祖巡视西城。

顺治十四年，迁大理寺少卿。顺治十八年五月，擢广东巡抚。疏言：“粤东近闽、漳，海氛出没，当设守御。臣有壮丁百、马百，乞带往以补标兵老弱，无格外费，而得实用。”部议如所请。

康熙四年二月，迁广东总督。四月，疏言：“屯田每亩起科三斗或二斗零。明时给军听取佃，是以责重而倍收。我朝汰军为丁，计田而赋而屯丁，即民户屯粮多。民粮十之九过重难徵，请敇议照民田输纳，永除屯困。”下所司知之。五月疏言：“水师战一守二，守惟事帆浆，战则专攻击，百人登舟御寇，止三十人接应势寡，请改为战守各半。”得旨俞允。六月，疏言：“省会面海居中，四应非船不济。从前设防、侦勦，皆拨用同城水师哨船。今水师提督移驻顺德，总兵分驻广海、新安，无船可调。请于臣标增哨船十二，水兵六百，守备、千总各一。”部议，哨船如所请行。水兵于督标选委，守备、千总毋庸增。七月，疏言；“营汛分布要隘，必有统率而后力专，广属诸讯，隶水师镇。自镇臣分左右路，水陆不能兼辖，营自为汛，势殊涣散。请将三水、龙门、从化、增城、顺德等营属广州城守都司辖。新宁营属新会游击辖，庶事有专责，讯守分明。”从之。寻裁广西总督，命兴祖兼制。八月，疏言：“广西归并广东，总督仍驻肇庆，城内有协、镇将军驻札，已无隙地。今臣标移驻，请移将军驻省。”议如所请。时迁南洋总兵入内地，兵民乏资，兴祖倡率，捐银安置。寻疏言：“南洋为全潮门户，奉旨勘议村庄迁内地外，其应留者，附并海阳为便。至汛地尤冲险，议设游击一、增守备一、把总二、兵千、船二十属潮州镇辖。又自郡城达南洋，原定以急水为出入之口。凡粮运仍令该管文武照票稽查。”下所司知之。五年八月，疏言：“粤西土司，昧沦嗜利，争替袭连年不解。教化莫过学校。请将土司俊秀子弟在附近左右两江诸府县肄业考试。其文义通达者每县区二名入学，俾知观感，争端亦足止遏。”下部议行。