1988年3月，任日本众议院环境委员会首席理事

1988年8月，任日本议院决算委员会首席理事

1989年6月，任日本自民党调查局次长

1989年10月，任日本众议院大藏委员会首席理事

1990年3月，任日本众议院大藏委员会委员长

1990年12月，任日本自民党政务调查会财政部会部会长

1991年11月，任日本自民党人事局长

1991年12月，任日本自民党政务调查会财政部会部会长、自民党总务

1993年8月，任日本众议院预算委员会理事

1994年7月，任日本自民党广报委员长

1995年3月，任日本自民党副干事长

1995年8月，任日本防卫厅长官（第2次村山内阁）

1996年11月，任日本自民党政务调查会副会长

1997年10月，任日本自民党总务（总计第2次）、自民党税制调查会副会长

1998年1月，任日本众议院大藏委员会首席理事（总计第2次）

1999年10月，任日本自民党第首席副干事长

2000年7月，任日本众议院决算行政监视委员长

2000年7月，任日本自民党对外经济合作特别委员长

2000年12月，任日本外务总政务次官

2001年1月，任日本外务副大臣

2001年6月，任日本自民党总务副会长（总计第3次）

2001年7月，任日本自民党税制调查会副会长

2002年1月，任日本自民党大分县支部联合会会长

2002年10月，任日本自由民主党总务会长代理

2003年9月，任日本众议院国际反恐与伊拉克人道援助特别委员会委员长

2003年11月，任日本自民党行政改革推进本部长就任

2003年11月，任日本众议院国土交通委员会第一理事

2006年4月，任日本自民党大分县支部联合会会长

2006年9月，任日本众议院国家基本政策委员会委员长

2008年9月，任日本众议院预算委员会委员长

2009年9月，任日本众议院副议长

2013年3月，任日本自民党外交经济合作本部长

2017年12月，任日本自民党外交调查会会长

2020年9月，任自民党宪法修正推进本部本部长

2024年10月，落选日本众议院议员（第50届众议院选举）

2009年8月30日，日本举行国会众议院选举，执政的自民党仅夺得总共480个议席中的119个席，失去了长期掌握的执政地位。

9月16日，日本国会众议院召开全体会议，前任副议长、民主党议员横路孝弘当选议长，原防卫厅长官、自民党议员卫藤征士郎当选副议长。

2009年10月20日，日本国会超党派议员组织“大家都来参拜靖国神社国会议员之会”的54名国会议员集体参拜了供奉有二战甲级战犯的靖国神社。

执政的民主党中，前农林水产大臣田名部匡省、参议院议员羽田雄一郎等人进行了参拜，但鸠山由纪夫内阁的大臣、副大臣及政务官均没有参拜。而在8月底的国会众议院大选中惨败下野的自民党中则有众议院副议长卫藤征士郎、总务会长田野濑良太郎、前干事长古贺诚等人参拜。所有政党中自民党参拜议员人数最多，约为40人。

2022年8月5日，据韩国《东亚日报》报道，日本前国会众议院副议长、自民党议员卫藤征士郎近日就日韩关系发表言论，声称“日本过去曾把韩国当作殖民地。考虑到这一点，日本对韩国来说，在某种意义上是老大哥一样的存在”。此言论一出，立即在韩国引发巨大争议，韩日议员联盟干事长尹昊重表示，卫藤征士郎相关言论“非常令人遗憾”，有韩网民则留言提醒，“忘记历史的民族没有未来”。