国际上普遍认为，太平洋—印度洋贯穿流是全球性海洋热盐环流大传送带的一个关键环节，对于全球海洋以至大气的物质，特别是热量的输运至关重要。但以往在研究太平洋—印度洋贯穿流时通常忽略了南海的作用，而仅仅考虑通过印尼海域的海流，即所谓印尼贯穿流。

近年来发现南海一方面通过海面水热交换影响大气，一方面通过印尼贯穿流对全球热盐大传送带有所贡献。

中国科学院方国洪院士认为，南海贯穿流是印尼贯穿流的一个重要分支，“南海贯穿流”的存在表明，西菲律宾海海水在吕宋海峡入侵的基本机制是全球风场和热盐效应，它比单纯的黑潮动力作用影响更深远，更重要。