1947年2月21日以协调能力见长的蒙巴顿子爵接替韦维尔子爵成为印度总督后仍然致力于维持印度的统一并留在英联邦的内部。但统一的构想在民间已无基础的情况下蒙巴顿总督只能寄希望于印度的政治派别的支持。蒙巴顿与穆斯林领袖真纳多次会晤后无法获得支持，只能放弃建立统一印度的计划并成功寻求甘地对分治的支持。

1947年6月4日蒙巴顿声明将在同年的8月15日通过将英属印度分为印度和巴基斯坦两个国家的方式来实现印度的独立。

1942年，英国政府曾答应战后给予印度独立。但实际上，英国资产阶级决不肯放弃这一广阔而重要的殖民地。当时任英国首相的丘吉尔就一贯反对印度独立。1941年8月14日发表的《大西洋宪章》虽然明确宣布：“尊重各民族自由选择其所赖以生存的政府形式的权利。”但丘吉尔却于同年9月9日发表声明，把印度、缅甸及英帝国的其它部分排除在《大西洋宪章》的实施范围之外。他辩解说：“大西洋会议时，我们所想的，主要是恢复当时在纳粹桎梏下的欧洲国家与民族的主权、自主政府和民族生活。”1941年底太平洋战争爆发后，美国为换取印度参加对日本作战，并排斥和取代英国在印度的势力和地位，竭力主张印度独立。丘吉尔对此十分不满。第二次世界大战后，印度人民的反英运动有了新的高涨。1946年2月18日，印度2万名海军士兵在塔瓦尔、孟买、卡拉奇和马德拉斯等地举行了反英起义，得到了广大群众的支持，动摇了英国的殖民统治。由于资产阶级的出卖和缺乏正确的领导，这次起义遭到了失败。

1946年2月19日，即起义的第二天，英国首相艾德礼宣布派遣内阁特使团去印度，就赋予印度某种形式的自治问题进行谈判。3月，由印度事务大臣劳伦斯、商务大臣克里浦斯和海军大臣亚历山大组成的内阁特使团到达印度，与总督魏菲尔一起，同印度政治领袖们开始谈判。5月16日，发表了关于印度的白皮书，其中提到印度将来可成为英国自治领；各省先分成三个辖区，印度教占一个，伊斯兰教占两个，由三个辖区选举制宪议会，制订联邦宪法。7月，选举省一级的代表参加议会，国大党得209席，而穆斯林联盟却要求建立一个独立的巴基斯坦。为了支持这一政策，伊斯兰教徒于7月游行示威，结果发生了流血事件，伤亡甚多。英国殖民者为了达到“分而治之”的目的，竭力在印度各民族、各教派、各党派之间，进行挑拨离间，制造分裂。由于英国特使团的破坏，印度穆斯林联盟同印度国大党之间的仇恨进一步加深。8月16日，两派在加尔各答发生相互残杀，死亡达千人。

8月25日，临时政府组成，魏菲尔兼任总理，尼赫鲁任副总理。穆斯林联盟虽于10月26日提名五人参加临时政府，但拒不参加12月9日召开的国大党占优势的制宪议会。情况很明显，不分治就要打内战。

英国政府于1947年2月改派蒙巴顿任印度总督，6月公布了印巴分治的“蒙巴顿方案”。印度被分割成：（1）巴基斯坦国，包括西巴基斯坦和东巴基斯坦，人口7千万；（2）印度联邦，包括英属印度的其余部分，人口2.25亿；（3）王公土邦562个，占印度面积2/5，人口8.1千万，在政权移交后享有独立地位，但可参加印度或巴基斯坦。

1947年8月印、巴正式分治。8月14日巴基斯坦宣告独立，成为英联邦的自治领（领土包括东、西巴基斯坦两部分），1956年3月23日成立巴基斯坦伊斯兰共和国。1947年8月15日印度自治领成立，1950年1月26日宣布为印度共和国，仍为英联邦成员。印度和巴基斯坦独立，结束了英国在印度的190年的殖民统治。1961年，印度收回果阿。

后来大多数土邦加入了印度。但原北部土邦克什米尔归属未定。因此，印巴两国曾于1947年10月至1949年1月和1965年9月发生两次大规模武装冲突。两国领导人也曾多次举行会议，确认“应该遵照该邦人民的愿望加以解决”。但由于印度坚持克什米尔是“印度联邦的不可分割的一部分”，至今仍是悬案，没有解决。

在二战使大英帝国国力衰落无法继续维持对英属印度的殖民的前提下，在现代政治环境中穆斯林与印度教徒和锡克教徒之间产生的一系列不可调和的政治、民族、宗教冲突所导致。

1906年，全印穆斯林联盟（AIML）已在达卡成立。由于印度国大党的大多数成员为印度教徒，穆斯林抱怨在国大党中穆斯林成员没有与印度教成员相同的权利。因此在各个时期提出了不同的方案。Allama Iqbal在1930年穆斯林联盟就职演说中提出，在印度教为主的印度次大陆中，有必要成立一个独立的穆斯林国家。

英国虽然在二战中取得胜利，然而其国力在战争中严重受损，失去了其大国的地位。加之非殖民化运动的兴起，英国最大的殖民地英属印度的解体已经不可避免。 然而在当时的印度，多数派印度教徒和少数派伊斯兰教徒之间的对立日益激化，强烈主张印度教徒和伊斯兰教徒的分离。甘地强烈反对这些分离思想，提倡实现统一印度。印度国民大会党也出于政教分离和世俗主义的立场而对因宗教的分离表示谨慎，印度共产党和印度民族主义者虽然也有各自的反应，但都未能阻止分裂的大势。

英国在当时规划了由印度教徒较多的地区的印度、伊斯兰教徒较多的地区的巴基斯坦、同时保留各藩王国，由这三者组建独立的“印度联邦”的独立方案，但未能获得共识。因此，末代印度总督路易斯·蒙巴顿放弃了将印度统一的计划。1947年6月4日，蒙巴顿声明将在这一年的8月15日通过将英属印度分为印度和巴基斯坦两个国家的方式来实现印度的独立（也包括英属印度高等文官、英属印度军队、英属印度铁路的分割）。另外，独立后的政治框架暂时按照英国制定的1935年印度统治法实施。7月18日实施的1947年印度独立法规定，英属印度分为印度和巴基斯坦两个新国家，两国在各自的宪法（印度宪法及巴基斯坦宪法）实施之前是英联邦的自治领（和加拿大及澳大利亚地位相同，在国际法上是独立国家）。

蒙巴顿宣称将实施分治到实际分治只有两个月多的时间。而伊斯兰教徒占多数的地区分别在英属印度东西两地也是严重的问题。因此，西部的旁遮普地区和东部的孟加拉地区被印度和巴基斯坦两国分割。旁遮普地区被分为旁遮普省和旁遮普邦（之后又分为哈里亚纳邦、喜马偕尔邦和昌迪加尔），孟加拉地区则被分为东巴基斯坦和西孟加拉邦。而划分界线的工作由于印度和巴基斯坦的要求必须由于印度毫无关系，并且对英属印度完全不了解的英国人进行，以保证划界人不带有倾向性。最终划界工作由一位伦敦律师西里尔·雷德克里夫在总督府闭门近两个月，在几乎没有任何资料的情况下，在一张并不太准确的地图上完成（期间未与任何印度人交流），因此这条分界线（分离独立后即是两国的国境）被称为雷德克里夫线。这条分界线直到独立当天才公布。孟加拉地区的划分接近1905年的孟加拉分割令，旁遮普地区由于过去并未进行过分割，发生了大规模的混乱。

在这两个地区，居住在印度教徒地区的伊斯兰教徒逃亡伊斯兰教徒地区，与之相反，伊斯兰教地区的的印度教徒和锡克教徒逃往印度教徒地区，其中不少都是强制迁移因而沦为难民。在短时间内的大规模人口流动引发了大混乱，特别是在旁遮普地区，两教徒之间发生了难以计数的冲突和暴动、屠杀以及报复。据理查德·西蒙兹的研究，即使是最保守的估计，也有至少50万人在冲突中丧生，一千二百万人无家可归。在这时两者之间产生的不信感和憎恶对之后的印巴关系都产生了影响。在加尔各答，由于甘地的努力，屠杀得到了抑制。

巴基斯坦在1947年8月14日宣布独立，印度则在1947年8月15日宣布独立。真纳成为巴基斯坦总督，贾瓦哈拉尔·尼赫鲁则成为新生独立印度的总理。然而，实现独立的过程，以及独立后两国的历史都并不平坦。许多宗教移民在来到印度或巴基斯坦之后都面临融入当地社会的困难。不同宗教教徒之间的冲突和种族清洗仍有发生。

印度的印度教徒及锡克教徒难民，以及逃往巴基斯坦的伊斯兰教徒难民大多集中在德里、孟买、加尔各答、卡拉奇、拉合尔、达卡等两国的大都市。在这些大都市因此产生了巨大的贫民窟，两国产生了巨大的都市贫困阶级，成为社会的不稳定因素。

印度教徒和伊斯兰教徒之间的互不信任，可说是对提倡两者之间融合的甘地的一个反弹。民族义勇团等印度民族主义者认为甘地对伊斯兰教徒和巴基斯坦太过让步。终于在1948年1月30日，甘地被狂热的印度民族主义者在德里暗杀，提倡非暴力的甘地因而自己也在暴力中牺牲。

许多土邦在当时印度副总理萨达尔·瓦拉巴伊·帕特尔的巧妙交涉下决定归属印度，然而查谟-克什米尔土邦的归属问题却引发了第一次印巴战争，两国在之后仍爆发过多次印巴战争。巴基斯坦的领土被分为东西两部分，国家状况并不安定。这种状况一直持续到孟加拉独立战争和第三次印巴战争，东巴基斯坦独立为孟加拉国。1974年，印度进行了核试验。巴基斯坦也与其对抗在1998年进行了核试验。两国的对立不仅是南亚地区，也是世界性国际政治的不稳定因素。

印巴分治使得印度和巴基斯坦获得了独立，然而两国的对立直至今日都在继续。

因两国战争而流离失所者达一千二百五十万，伤亡估计达数十万到一百万不等（大多数人估计于1947年间越过印巴边境的人数约有一千万到一千二百万不等）。