航空公司成立于1991年，但是只成立厄立特里亚航空这个名字，初时只是服务阿斯马拉国际机场的地面处理。

于2002年5月，航空公司圹展到飞行服务。第一班厄立特里亚航空是波音767-300ER。

在2003年4月，航空公司开始服务航线：阿斯马拉至法兰克褔，米兰，内罗毕和罗马。第二架波音767于2004年中期开始服务。

在2005年，航空公司开始服务航线：阿斯马拉至恩贾梅纳和迪拜。与此同时，服务航线住内罗毕下降。第一架波音767于2006年被空中巴士A320取代，一年后，又被波音757取代，到了2007年尾，波音757被DC-9取代，与此同时，服务航线住阿姆斯特丹下降和往米兰的航线只服务季节性于2006年12月。