各省开办厘金之初，因为多由军营粮台、军需局、筹饷局等机构经理其事，后来才普遍设立专局总理厘务。各省总局名称不一，有捐厘局(淞沪)、厘捐局(金陵、天津)、牙厘局(苏州、浙江、安徽、江西、云南、湖北)、厘金盐茶局(湖南)、厘金局(广西、山东、甘肃、四川、贵州)、税厘局(福建)、厘税局(陕西、河南)、筹饷局(山西)。总局之下，设立各局卡。各通商要道设正局或正卡，经理抽厘。其下所属征收机关有分局分卡。广东主要抽厘机关不称局而称厂，厂之下有分厂分卡，相当于其他各省的分局分卡。稽查及缉私机关，有分巡、巡卡及巡船、炮船等，使各省厘厂局卡的分布遍地林立。如湖北省自咸丰五年(1855)以来，所役厘金局卡曾达四百八十余处；由扬州至淮安不过三百里路程，中间设有八个厘卡；苏州至昆山不过五十余里，竟有四处收厘卡。先前商人从事省际贸易贩运货物，从汉口到上海，只有武昌、九江、芜湖、江宁、镇江、上海六处常关征税，自厘金制度兴起后，由汉口至上海，据《申报》评论：“厘卡之多，犹不止倍于税关之数，其司事巡丁之可畏，亦不止倍于税关之吏役。”当时统兵人员私设厘卡抽课，未经入奏者极多。