其特点是结核体不穿过层理；结核大小从小于1cm到数十cm。

例如石灰岩中的燧石结核；砂岩中的铁结核；现代海底的锰结核等。

在沉积物形成岩石的过程中，由于物质重新分配，也可形成扁平状结核，部分切穿层理，部分被层理包围，这种结核叫成岩结核，也属原生结核的一种。

此外还有一种极小的，形如鱼子的结核，称鲕状体（鲕即鱼子，附图为含有鲕状体的鲕状石灰岩）。