1931年，在中央研究院史语所民族学组工作的林惠祥先生因携眷在北京长住不惯，故返回故乡担任厦门大学历史社会学系的人类学教授，从事文化人类学和考古学的教学与科研工作。曾出版《民俗学》（1931）、《世界人种志》（1932）、《文化人类学》（1934）、《神话论》（1934）、《中国民族史》（1936）等著作，为人类学在中国的发展作出了巨大的贡献，其中《文化人类学》、《中国民族史》至今仍受到国内外学术界的高度重视。1934年，林先生创办了厦门市人类博物馆筹备处，把自己收集的考古、民族等人类学标本向外开放，从而使该机构不仅成为人类学研究与教学的基地，也成为普及人类学知识的基地之一。

1951年，林惠祥教授将毕生搜集的文物与图书全部捐献给国家，建议厦大设立人类博物馆展览这些文物，并建议成立人类学系和人类学研究所。王亚南校长接受后，呈函华东教育部转呈中央高教部，此年底即获准成立博物馆。于是，1952年春厦门大学人类博物馆设立，1953年3月正式对外开放，首任馆长为林惠祥教授。至于人类学系与人类学研究所的建议，由于当时的政治与意识形态认为人类学、社会学等是资产阶级学科而没被批准，因此林先生成立人类学系和研究所的设想没能实现。 厦门大学人类学博物馆是一所专业性的博物馆，专门收集和陈列有关人类及其文化发展的文物，以说明人类本身的起源演变以及其生活文化的发展历程，同时也集科研、教学和社会教育于一身。其主要任务有四：1、作为人类学的研究机构，进行民族学（狭义的文化人类学）调查，考古调查、发掘和科学研究。50年代初调查了厦门港的蛋民，1958年博物馆的成员还参加全国少数民族社会历史调查。同时也从事福建地区的考古工作，为中国东南区民族学、考古学的研究奠定了初步基础。2、培养民族学、考古学、博物馆学专门人才。当时因向苏联学习，全国院系调整后，在历史系中保留了民族学、考古学等人类学的分支学科的教学与科研。因此林惠祥教授在厦门大学历史系主持考古、民族专门化，开《考古学通论》、《人类学通论》、《社会发展史》、《原始社会史与民族志》等课，培养民族学、考古学方向的人才。1956年，经教育部批准，林惠祥教授曾培养了两名副博士研究生。3、配合教学，供本校民族学、考古学、历史学等课程教学的参考。4、进行社会教育，实施形象化的科学普及工作，供校外和中小学生参观。1958年林惠祥教授过逝后，馆长由叶国庆教授继任，1983年后由陈国强教授担任，1994年后，由庄景辉负责。