学院现设国际关系系、侨务与外交系共2个系，东南亚经济研究所、亚太国际关系研究所、中外关系史与华侨华人研究所等3个研究所，拥有1个国家“211工程”建设子项目、1个国家“985工程”哲学社会科学创新基地、1个教育部人文社会科学重点研究基地-厦门大学东南亚研究中心、1个教育部区域与国别研究培育基地-厦门大学东盟研究中心、3个教育部国别与区域研究中心备案中-厦门大学马来西亚研究所、厦门大学印度尼西亚研究中心和厦门大学新加坡研究中心、1个福建省高校特色智库“一带一路”与东南亚研究院、《南洋问题研究》和《南洋资料译丛》编辑部、及两个校批研究机构——厦门大学马来西亚研究所、厦门大学苏氏东南亚研究中心。此外，还是中国东南亚研究会、福建省东南亚学会、教育部社会科学委员会综合研究学部（含国际问题、港澳侨台、交叉学科）的秘书处单位。