1999年，本科专业合并设立生物科学和生物技术两个专业。

1999年11月15日，生物学系和抗癌研究中心合并组建成立生命科学学院。

2000年，获生物学一级学科博士学位授予点。

2000年，成立厦门大学生命科学实验教学中心。

2002年，获批国家生命科学与技术人才培养基地。

2011年4月，在原细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室和福建省癌症生物学重点实验室基础上申请建设的细胞应激生物学国家重点实验室获得科技部立项，并于10月份正式获批建设。

2012年10月，生命科学学院完成整建制搬迁到翔安校区。

2013年10月，药物创新省级平台福建省药物工程实验室的天然产物源靶向药物工程实验室升级为国家地方联合工程实验室。

2015年1月，成立博伊特勒书院。

2017年9月，生物学入选教育部“双一流”建设学科名单；同年12月，生物学科获全国第四轮学科评估A类。

2018年12月10日，学院获评首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。

2020年11月，学院被授予“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。

截至2022年9月，学院设5个系，开办2个本科专业。

系：生物学系、生物化学系、细胞生物学系、遗传与发育生物学系、免疫与微生物学系

本科专业：生物科学、生物技术

截至2023年11月，学院有教职工205人，其中专任教师116人，工程、实验等系列专业技术人员60人。教师队伍有两院院士3人、中国医学科学院学部委员2人、全国杰出专业技术人才1人、国家级领军人才21人次、国家杰出青年科学基金获得者9人、国家级青年人才35人次。

全国高校黄大年式教师团队：细胞生物学团队

国家级教学团队：厦门大学生物学基础课教学团队

截至2021年2月，学院有国家一流本科专业2个，国家级高等学校特色专业1个，基础学科拔尖学生培养计划2.0基地1个，国家生命科学与技术人才培养基地1个，国家理科基础科学研究和教学人才培养基地1个；国家级线上一流课程5门，国家级线下一流课程1门，国家级线上线下混合式一流课程1门，国家级虚拟仿真实验教学一流课程3门，国家精品资源共享课程2门，国家级双语示范课程2门，国家级精品课程3门。

截至2022年9月，学院获国家教学成果二等奖5项、出版/再版国家级教材8部。

截至2022年9月，学院拥有博士后科研流动站1个，一级学科博士学位授权点1个，一级学科硕士学位授权点1个，硕士专业学位授权领域2个；拥有国家级重点学科3个。

国家级重点学科：动物学、细胞生物学、水生生物学

截至2021年11月，学院拥有国家级科研平台3个，省部级科研平台4个，市级科研平台3个，校企合作平台5个，1个部级创新团队，2个国家基金委创新群体，2个教育部创新团队。

科技部“重点领域创新团队”：细胞能量代谢稳态与疾病研究

截至2023年11月，学院共承担国家重点研发计划项目、国家自然科学基金项目、省市级课题和横向项目等各类科研项目500余项，到位科研经费7.64亿元。学院以第一作者单位和通讯作者单位共发表SCI论文600余篇，其中在Cell、Nature、Cancer Cell、Nature Cell Biology、Nature Immunology、Cell Metabolism、Cell Host Microbe、Molecular Cell、Developmental Cell、Science Translational Medicine、PNAS等国际一流刊物上发表论文180余篇，相关成果获国家技术发明奖、中国生命科学领域十大进展、福建省自然科学奖等。

2022年6月19日，学院在爱秋体育馆举办“厦门大学生物学科创建100周年文艺晚会”。6月26日，学院在思明校区科艺中心音乐厅上演厦门大学生物学科创建100周年交响音乐会。

2023年11月30日，学院组织学生走进厚德小学开展科普进校园活动。