能源学院是在能源研究院的基础上发展起来的。能源研究院成立于2007年9月，它以国家能源科技重大需求和海峡西岸经济发展为导向，通过整合、引进、提高，建成中国一流的集人才培养、技术研发和技术转移于一体的新能源基地。

2013年初，能源研究院新设本科专业“新能源科学与工程”获得教育部备案批准，2013年5月，厦门大学决定成立能源学院。能源研究院保留名称，作为能源学院的所属研究机构。2013年9月，第一届“新能源科学与工程”新生入学。

截至2022年10月，学院有先进能源一级交叉学科博士点，核工程与材料、光伏工程、能源化工、能效工程、能源经济二级学科博士点。2012年入选能源科学与工程“双一流”学科群建设；2020年获批能源工程与技术二级交叉学科博士点。