厦门市足球协会于2003年开始举办全国足球业余(丙级)队联赛厦门赛区，并于2007年正式创办厦门市十一人制业余足球联赛，次年更名厦门市业余足球联赛。

在厦门地区除了由厦门足协举办的官方业余联赛外还有民间性质的厦门业余足球联盟(又称厦门菜鸟足球联盟)的联赛。2008年开始厦门市业余足球联盟的部分比赛也作为厦门市业余足球联赛的预选赛。

2012年，厦门市足球协会未举办市级联赛，而是以“福建省全民健身与八城会同行系列竞赛活动足球赛（厦门赛区）”代之。

2013年，联赛更名为厦门市足协杯业余足球联赛。

2018年，创办厦门市足球协会甲级联赛，作为2019年厦门市足球协会超级联赛的选拔赛。