1988年，厦门站经改造，股道增加到16股，站线总延长12.689千米。

1993年12月，厦门站实现电气化。

1999年9月10日起，成为客运一等站。

2004年5月9日，厦门站由原上海铁路局转隶至原南昌铁路局。

2010年4月26日，福厦铁路正式通车运营，厦门站开行往福州方向的动车组列车。

2012年2月，厦门站改扩建工程可行性研究报告获原铁道部和福建省人民政府批复，工程包括重建北站房和扩建站场，以及新建南站房和铁路股道下5条下穿通道。4月，厦门站改扩建工程南广场开工建设。6月29日，龙厦铁路开通，厦门站开行往漳州、龙岩方向的动车组列车。12月29日，厦门站改扩建工程主站房开工建设。

2014年3月1日，因厦门站改扩建工程需要，厦门站既有主站房封闭施工，厦门北站、厦门高崎站、漳州站分担厦门站始发终到列车业务。

2015年2月4日，厦门站新建南站房、南广场投入使用。

2015年11月10日，厦门站2、3站台及2、3检票口正式投入使用。新站台投用后厦门站暂时未增开列车，而是将原有的6对南昌、福州方向动车的停靠进行了调整。

2016年1月24日，厦门站新建北站房投入使用。

2019年7月10日，结合厦门北客车整备所启用，原在厦门站始发终到的所有普速列车均调整至厦门北站始发终到。至此，厦门站成为专营动车组客运业务的车站。12月30日起，厦门站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。

2022年1月，厦门站开办“铁路e卡通”服务。

厦门站位于中国福建省厦门市思明区梧村街道厦禾路900号。东临东坪山路，西临金榜路，南邻站南路、金榜山、东坪山，北临厦禾路、湖滨东路。车站距厦门市人民政府约3千米，距厦门高崎国际机场约8.2千米，距厦门国际邮轮中心约4.2千米，距厦门轮渡码头和厦门中山路步行街约4.5千米，距鼓浪屿景区约5千米。

厦门站在鹰厦铁路上行距厦门高崎站约9千米。

原厦门站站房为三层建筑，局部四层，总面积8575平方米。一楼大厅高14米，净跨25米。站房东侧为700平方米的行包房（净跨20米），西侧为700平方米的售票厅（有售票窗口9个）；二楼共设3个候车厅，中部为软席候车区，两翼东西各有700平方米的候车厅（各配有母婴候车厅），可同时容纳乘客1500名，设有卫生间、盥洗间、盥洗台、饮水台等服务设施。

原厦门站站台长400米，宽14.2米，合计5964平方米混凝土地面，引桥3座153平方米；地道为双梯踏步式，梯宽3米，地道长20米，净高2.7米，宽4米。

设计理念

厦门站主站房是一座外形如白鹭展翅的白色钢结构建筑，体现了厦门海滨城市的风貌特色与时代感。

设计参数

据2024年9月中国国家铁路集团有限公司官网数据，厦门站站房总建筑面积2.16万平方米，高架候车室建筑面积7400平方米。

厦门站分南北两个站房，两个站房的一层为进站口、售票厅、候车室和1、8检票口，二层为候车室和2-7检票口。南北站房的一层由铁路股道和站台隔开，二层的候车室是相连的。

厦门站北站房设有供旅客进站的高架桥和供旅客出站的地下层，旅客从北站房进站时，需经过高架桥才能到达进站层，而旅客从北站房出站时，无需上下楼梯，出站便是厦禾路。南站房因地势相比北站房较低，所以可直接由地面到达进站口。

据2024年9月中国国家铁路集团有限公司官网数据，厦门站设有站台5座（8个站台面），旅客列车到发线9条。途经线路为鹰厦铁路。

厦门站自助售票取票设备位于厦门站南售票处和北售票处大厅内，截至2017年12月，共拥有29台自动售票机和22台自助取票机。厦门站自助售票机均支持电子支付购票，电子支付的方式有银行卡、支付宝、云闪付等，旅客可自由选择支付方式。此外，车站仍有10台支持现金支付的售票机，它们分别是：北广场售票大厅编号为138、139、140的三台自助售票机；南广场售票大厅编号为121、122、123的三台自助售票机；北出站口自助售取票厅编号为108、109、110、111的四台自助售票机。

车站售票厅设置了铁路公安制证窗口，乘客可在窗口办理临时身份证明。

2024年铁路暑运期间，厦门火车站共计发送旅客603.4万人次，同比增长0.91%。62天里，厦门火车站单日旅客发送量超10万的有30天，其中8月24日发送旅客13.05万人次，创厦门火车站暑运单日旅客发送量最高纪录。

2024年国庆运输期限为9月29日至10月8日，共10天。厦门火车站累计发送旅客124.38万人次，日均发送旅客12.43万人次；累计到达旅客118.42万人次。其中，10月1日发送旅客18.39万人次，刷新今年来单日发送旅客量新高。

厦门站小白鹭服务台创建于2004年，主要提供旅客咨询、重点旅客帮扶、遗失物品查找、广播寻人等服务。

厦门站地下设有地铁站厦门火车站，车站位于厦门站北广场地下及湖滨东路地下，为地下二层侧式车站。截至2021年6月，厦门北站途经的地铁线路有厦门地铁3号线。

截至2024年9月，地铁厦门火车站共开放6个出入口，其中1、2出入口位于厦门站北出站口东西两侧，3、4出入口位于厦门站北广场北侧，5、6出入口位于湖滨东路。

厦门站周边设有“火车站南广场站”、“火车站”、“火车站（湖东）”、“梧村车站”、“梧村公交场站”共5个公交车站。截至2024年9月，以上公交站共开通始发终到或途经的常规公交线路39条。

厦门站北广场东北侧设有快速公交（BRT）车站“火车站”。截至2024年9月，该站点共开通途经的快速公交线路4条。

截至2024年9月，厦门站东北侧设有梧村汽车站，2004年开始按照一级长途汽车客运站的标准建设，2009年8月1日投入使用。总建筑面积87810平方米，采用双层式，一层位发车位，可同时发20个班次，二层是售票大厅和候车大厅，其中售票厅共设置了14个售票窗口。

2020年11月，获得福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体荣誉称号。