建行以来，厦门银行按照立足地方经济、服务中小企业、面向城市居民的市场定位，秉承发展、创新、管理、效益的经营理念，励精图治，与时俱进，实现了质量、规模、效益协调发展。截至2008年末，资产165.39亿元，存款余额131.77亿元，贷款余额84.82亿元。

2008年12月，厦门银行引进境外战略投资者富邦银行（香港）有限公司。引进战略投资者后，厦门商行的资本净额10.5亿元，资本充足率为10.57%，基本满足异地设立分支机构的要求。重组后的厦门银行将在坚持原有市场定位的基础上,充分发挥连接港台业务等优势，积极构建两岸三地金融服务平台，努力发展成为辐射海峡两岸三地的区域性精品银行。

2009年11月30日 ，中国大陆首家有台资背景的商业银行——厦门市商业银行在其成立13周年生日之际召开新闻发布会，宣布正式更名，并启用由四方蓝海与一枚金黄三角梅组成的全新品牌标识。 中国银监会2009年9月21日印发《关于厦门市商业银行更名的批复》，正式批准厦门市商业银行更名为“厦门银行股份有限公司”，简称“厦门银行”。