双重管理体制是指：在登记环节上，登记管理机关负责基金会、基金会分支机构、基金会代表机构、境外基金会代表机构的最终审批登记；业务主管单位负责基金会及其分支机构、代表机构、境外基金会代表机构的初审。在管理环节上，登记管理机关负责对基金会、境外基金会代表机构实施年度检查；对基金会、境外基金会代表机构依照本条例及其章程开展活动的情况进行日常监督管理；对基金会、境外基金会代表机构违反本条例的问题依法进行处罚。业务主管单位负责指导、监督基金会、境外基金会代表机构依据法律和章程开展公益活动；负责基金会、境外基金会年度检查的初审；配合登记管理机关、其他执法部门查处基金会、境外基金会代表机构的违法行为。