与此同时，潜伏于宇宙大帝残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采触进攻。也就在此时，威震天转生为惊破天，并重新集结霸天虎成员。世界变成了汽车人、霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。

能量晶体/Energon

在微型传说的大战过后，汽车人在地球上发现了特殊的晶体──这个晶体能提供大量能量，并被称为“能量晶体”，本作开始的海上城市便是为了开采地球上的能量晶体而建造的开采基地。

另外，不仅是地球，火星和小行星也有能量晶体的存在。由于能够提供大量的能量，因此很快，在霸天虎重新集结后，他们争夺的目标也从微型传说中的微型金刚变成了能量晶体。

此外，未经加工的能量晶体会对变形金刚的身体造成伤害，只有整合金刚或恐惧兽部队可以直接接触并进行开采和加工使其变为可供变形金刚使用的“能量之星/Energon Star”。汽车人和霸天虎都有专用的能量之星，变形金刚的身体不兼容对方的能量之星。

塞伯坦地下的神殿中储藏的为超级能量晶体，据大无畏所言，这些能量晶体是用于“开拓未来”的。惊破天占领这里后，用这些能量晶体让自己和暗啸强化升级。最后这些能量晶体被原始天尊用于创造新的太阳。

超能合体/superlink

为本片中的特色，即两个变形金刚一上一下组合从而提升战斗力的合体，巨神擎天柱有特殊的合体方式。只有被授予融合火种的变形金刚能使用。

融合火种/Combination Spark

本作中一种特殊的存在，持有者可使用“超能合体”提升战斗力，一般由原始天尊或巨神擎天柱授予其他变形金刚。融合火种与变形金刚自身的火种紧密结合，一旦融合火种分离，变形金刚的身体也会消散。

50话被巨神擎天柱用于封印自己和惊破天体内宇宙大帝的种子，51话全体汽车人用融合火种和巨神擎天柱合而为一，共同发动了超能合体变为最强终极擎天柱。

整合金刚/Omnicons

声：浅野真澄（艾丽尔）、千叶一伸（爆腕）、山野井仁（空翔）、飞田展男（信号弹）

汽车人方用于开采加工能量晶体的兵种，拥有可以直接接触未精炼的能量晶体的特殊体质并将其精炼为能量之星或各种武器工具供汽车人使用。有空翔、爆腕、信号弹三种型号，每种均为量产型。实际上是由当初追随补天士的变形金刚的一部分在和能量晶体的长期接触中进化而成的，所以整合金刚们对补天士的尊敬程度大于巨神擎天柱。

此外，艾丽尔是唯一一个成功进化为女性变形金刚的整合金刚，因此成为了整合金刚们眼中女神般的存在。她的出现能大幅度增强整合金刚的士气。

格式为“通用中译/日文名/日文直接英译/美国ARMADA版本人名”

本作男主角。16岁，幼时和父亲琼斯博士一起去塞伯坦星球时对变形金刚留下了不太好的印象，因此不是很喜欢那些汽车人所属的变形金刚，但最后为了保护地球，他只能和汽车人站在同一阵线。搭档是路霸。在战斗时是穿上父亲给予的战斗服战斗。 在和父亲一起去塞博特恩星时碰到塞伯坦星球中的神秘存在“元始天尊”，并被元始天尊给予了探知能量晶体所在处的能力。名字的由来似乎是因为“很爱踢东西”的缘故。

米夏/ミーシャ/Mischa/Mischa Miramond 声：田上由希子

奇克的青梅竹马，似乎也是奇克的女朋友。 在奇克以汽车人战斗员的身份和汽车人战斗之时，也以科学研究者的身分从旁协助奇克和汽车人。

前作“微型传说”男主角，本名“布雷德（Brad）”。 于本作中，在塞伯坦星球的汽车人基地担任琼斯博士的助手。

卡洛斯/カルロス/Carlos/Carlos Lopez 声：远藤纯一

前作“微型传说”副主角，于本作中成为太空人。

雅莉莎/アレクサ/Alexia/Alexis 另有艾蕾莎的译名。 声：富坂晶

前作“微型传说”女主角，于本作中担任地球联邦政府的发言人，并说服地球联邦政府和汽车人站在同一阵线。

擎天柱小队

擎天柱/グランドコンボイ/Grand Convoy/Optimus Prime 主条目：擎天柱（其他版本）#邪神三部曲另有巨神擎天柱的翻译名。 声：小西克幸/于正昌

汽车人总司令官，性格沉稳，擅长指挥战斗和培养新人。虽然比较严肃，但也会有有趣的另一面。

一直在与体内宇宙大帝的力量抗争，虽然一度因为宇宙大帝的力量暴走，但也能用意志克服。

最终话和所有汽车人的融合火种一同合体为最强终极擎天柱。

巨神之力/GRAND FORCE/グランドフォース/Assault vehicle 奇克的父亲‧琼斯博士为擎天柱制造的支援机械，总共四架，平常收纳于货车型态后方的货柜中。 擎天柱也能和其进行合体成为超级模式。 ファイヤー1/OP1 消防车型，在超级模式时可以变形为右手臂或者是右脚（通常是右手臂）。 ジャイロ2/OP2 直升机型，在超级模式时可以变形为左手臂或者是左脚。（通常是左手臂）ディガー3/OP3 挖掘机型，在超级模式时可以变形为右手臂或者是右脚。（通常是右脚） サブマリン4/OP4 潜水艇型，在超级模式时可以变形为左手臂或者是左脚。（通常是左脚）

飞翼擎天柱/ウイングコンボイ/Wing Convoy/Wing Prime

巨神擎天柱和翼剑超能合体之后的姿态，擅长空中作战，有普通模式和加农炮模式两种不同的组合。

终极擎天柱/オメガコンボイ/Omega Convoy/Omega Prime

巨神擎天柱和大力金刚超能合体之后的姿态，拥有强大的力量和继承自大力金刚的卓越的念动力和火力，但会消耗巨神擎天柱的生命。

吸收原始天尊的力量后巨大化，发挥出和宇宙大帝互角的压倒性力量。

路霸/ロードバスター/RoadBuster/Ironhide 声：岩田光央

汽车人新战士，崇拜激射。虽然最开始是个不成熟的士官，但在经历了无数战斗之后也变得越发成熟可靠，和奇克也成为默契的搭档。

激射/ホットショット/Hot Shot/（美国版相同） 声：鸟海浩辅

汽车人战斗指挥官，和“微型传说”中的热破（ホットロッド/Hot Rod）为同一人物，汽车人的年轻军官，性格成熟稳重，但内心中也藏着一份热血，以补天士为目标奋斗着。

天火/スカイファイヤー/Sky Fire/Jet Fire 声：桧山修之

汽车人副司令官，性格极为热血，也有点小腹黑。

消防车/インフェルノ/inferno 声：神奈延年

擎天柱卫队的神射手，在队友能喜笑颜开、在敌人面前则冷漠无情的老战士。并且冷静且意志坚强。32集因为被霸天虎力量影响选择自我牺牲，后被原始天尊复活。

翼匕/Wing Dagger 声：游佐浩二

汽车人的战士，肩负着看守要犯震荡波的任务。性格谦逊而重情重义，因为好友被震荡波杀害而一心向震荡波寻仇，不顾生命危险攻击震荡波。虽然重创震荡波和冲击波，但因伤重而死去。他的这份感情感动了原始天尊，原始天尊授予其融合火种，并将他重塑为翼剑/Wing Saber。重生后的他实力大大提升，且性格也更为稳重，最终选择放下对震荡波的仇恨而保持了理智。在塞伯坦沦陷时带领剩余汽车人誓死抵抗，为其他汽车人争取了宝贵的时间。

大力金刚/オメガスプリーム/Omega Supreme 声：三宅健太

古代的贤者，为对抗宇宙大帝而被原始天尊从沉睡中唤醒。实力强大，不仅拥有凶猛的火力和强横的体力，更有强大的念动力作为辅助。性格如军人一般忠于原始天尊，是在需要时可以毫不犹豫的选择舍弃生命的性格。

补天士小队

补天士/ロディマスコンボイ/Rodimus Convoy/Rodimus 声：置鲇龙太郎/曹冀鲁（台湾）他在数万年前曾经和擎天柱一起奋战过，但两人对于是否复活宇宙大帝的看法有些不一致。

数万年前，抱着开拓新家园的目的，补天士带领一些变形金刚离开塞伯坦，为了约定在最开始时帮助五面怪而与汽车人为敌，后和解。性格沉稳且拥有卓越的战术指挥能力，实力可以和巨神擎天柱互角。后来也和激射成为关系密切的战友。

地雷/Landmine 声：三宅健太

补天士小队的成员，说话腔调有如古代武士一般，性格忠诚而有些呆板，自称“在下”。

红色警报/Red Alert/Prowl 声：保村真

补天士小队的成员，性格直率善良而有些幼稚，崇拜补天士并经常和他一同行动，喜欢以“逮捕”作为口头禅。

弹簧小队

弹簧/Sprung/Bulkhead 声：飞田展男

汽车人空中防卫官，是一个幽默而充满智慧的老人，经常在年轻的汽车人战士们陷入迷茫的时候开导他们，虽然腰不太好，但战斗力显著的强大。

千斤顶/Wheeljack/Downshift 声：保村真

弹簧的部下，有点冷酷但又风流的战士，喜欢耍帅。

加速器/Overdrive/Cliffjumper 声：小西克幸

弹簧的部下，性格幽默风趣，擅长驾驶飞船和赛车，“check now”是他的口头禅。

微型金刚

星辰剑.能量晶体军刀/圣剣エネルゴンセイバー/Energon Saber 在前作中已登场过的迷你金刚空袭组合体而成，奇克在火星基地地下发现的三架微型金刚合体的巨剑，能变形成喷射机模式让奇克搭乘于上，通常是路霸和奇克在使用，不过擎天柱自己也用过几次。 比姆/ビーム/Wreckage 帕尔斯/パルス/Scattor 雷萨/レーザー/Skyboom

元始天尊/プライマス/Primus/(美版相同) 声：玄田哲章

塞伯特恩的本体，本作中一直以精神体的形式出现。

惊破天/Galvatron/（美版和日版相同）声：远藤 纯一

霸天虎新破坏大帝，崇尚暴力和破坏，为复活宇宙大帝而在宇宙中掠夺能量晶体。

性格乖张暴戾，但也有关心体恤部下的一面。极为渴望和巨神擎天柱决斗，亦极为重视自己的尊严。

最终话为了证明自己的尊严带着宇宙大帝的火种和暗啸一同飞向超级能量晶体团中从而自灭，成为了照耀新宇宙的太阳。

暗啸/ナイトスクリーム/Nightscream/Starscream 声：飞田展男

五面怪复活的霸天虎战士，因为复活时能量不足而无法长时间保持实体，因此多半时候保持隐形状态。原本是五面怪用于刺杀巨神擎天柱的刺客，但后来被惊破天所控制成为其部下。对惊破天相当忠诚，但也保持着一份理智。惊破天亦将其当兄弟一般看待。战斗能力很高，除了擅长利用隐形能力外，在升级力量后亦追加“零射线加农炮”。最终话为追随惊破天而进入太阳自灭。

冲击波/shockwave/tidal wave 声：山野井仁

被称为“铁腕提督”的霸天虎战士，拥有庞大的体型和凶悍的火力。性格呆板而忠诚，语言能力也不发达，总是重复着“shock”的口癖，和震荡波关系很差。在被坍塌的能量塔砸成重伤后被惊破天修复并重生为冲击舰/shock fleet/mirage。重生后虽然身体变小，但行动更加灵活，语言能力也变强。另一方面，他对惊破天的感情也发生了细微变化，经常和铁轮、雪暴一同行动。

最终话在看到惊破天和暗啸进入太阳后，对雪暴和铁轮留下了“那是惊破天大人”的话，选择进入太阳自灭。

阿尔法Q/Alpha Q/アルファQ/Alpha Quintesson 声：长岛雄一、前田幸惠

五面怪一族的特殊个体，本身有五种不同的人格（最深处的人格和另外四个差别很大，拥有类似小孩的声音）。因为星球被宇宙大帝毁灭而试图利用宇宙大帝的力量复活星球，本身性格软弱而不负责任，在与奇克和美莎交流后有所改变。后来在宇宙被撕裂时和宇宙大帝的头部一同作为新宇宙的太阳哺育着星球。38话在制作了基于奇克记忆的一颗星球作为给他的谢礼之后，全力和惊破天抗争，燃尽生命死去。

恐惧兽原名为テラーコン（Terrorcon），是Alpha Q利用宇宙大帝的力量制造的量产机体。

萨克巨人/メガザラック/MegaZarak 声：增谷康纪

恐惧兽首领，原先是阿尔法Q的部下，后被宇宙大帝连同阿尔法Q的母星一同吃掉，现在的萨克巨人是阿尔法Q利用宇宙大帝的能量以及另一个霸天虎战士的火种重塑的。后被惊破天变为狂派成员。最开始只是埋伏在惊破天身边的卧底，帮助过汽车人，也欣赏着勇往直前的路霸。后来被惊破天彻底变成他的奴仆。

最终话和路霸生死决斗之后把奄奄一息的路霸带到巨神擎天柱身边后死去。

宇宙大帝

掌握着最终极的毁灭和创造之力的神祇，象征着混沌、毁灭与黑暗的终极力量。在上一部雷霆舰队中，被作为宇宙大帝自己细胞的迷你金刚背叛，意识细胞也被擎天柱击毙，因此在宇宙尽头陷入沉睡，也因此在本作复活后完全依赖破坏的本能而行动。

最初完全陷入沉睡状态，但阿尔法Q为了修复被宇宙大帝毁灭的星球而收集力量试图让祂复苏。后来威震天复活后，宇宙大帝身首分离，分别被威震天与阿尔法Q操纵。后来还在二人争斗中撕裂了宇宙，创造了一个新宇宙。

取回头颅后宇宙大帝复活并反噬了威震天，开始不断破坏吞噬星球，擎天柱与元始天尊、领导模块三位一体化作超级擎天柱阻挡，但也被宇宙大帝压制，最终擎天柱自我牺牲，控制了宇宙大帝的行动，元始天尊汇聚了全宇宙的超能量体，最终将宇宙大帝身躯摧毁。

但宇宙大帝的火种不灭，寄生于惊破天体内，操控他继续与元始天尊为敌，大结局惊破天为了证明自己的尊严带着宇宙大帝的火种和暗啸一同飞向超级能量晶体团中从而自灭，宇宙大帝的火种因此毁灭。

日语配音名单

Super Link

主条目：Interchannel

Energon

主条目：Paramount Pictures