古杯动物是海洋底栖生物，大多数固着在海底生活，有些类群也可能会移动。古杯动物的化石大多保存在石灰岩里，而且常常与灰质藻、三叶虫、腕足动物、腹足动物以及软舌螺和锥壳类等动物共生在一起，因而证明它们是正常的浅海动物。科学家根据共生的蓝绿藻推测，古杯动物最适宜的生活深度是20～30米，最深不超过50米。

科学家推测，古杯动物的幼虫可以在海水中漂浮，在成长发育过程中随着身体和骨骼的增长变为成虫后而沉入海底，并以各种类型的固着根固着于海底。有些古杯动物的成虫可以呈盘状平卧在海底，而且还可以翻转。

古杯动物已描述有300多个属，近1000个种。古杯类在动物界中的分类位置争论已久，过去根据其外形及多孔等特点，认为属于多孔动物门，而称为古杯海绵。但古杯骨骼穿有小孔，类型复杂，从未见有骨针，这与海绵由于骨针松散联结而成的小孔大不相同，海绵骨骼由骨针组成，无内、外壁及隔板等构造。现在多主张将古杯列为动物界一个独立的门。