秦淮水系在上游山丘之间尚有小支河金戴、浦溪、李塔、上杆、郭庄南河及郭庄西南平圩区的二干河等6条，均由所在乡镇统一规划，调集劳力，予以整治。

索墅西河，起于尹家边，在江宁区汇入句容河，河长5.5公里，流域面积72.8平方公里。

索墅东河，起于姐妹桥，在江宁区汇入句容河，河长6.0公里，流域面积72.8平方公里。

解溪河（介溪河），起于索墅，在江宁区汇入句容河，河长4.8公里，流域面积84.1平方公里。

团结河，1976-1977年春由铜山、禄口两个公社共同开凿的一条人工新河，故称团结河。此河位于铜山镇北部横贯东西。新河包括中部的主要河道和两端的溢洪道，西从柘木桥村向东经西焦村、东焦村，再偏北至窑墩接通三干河，全长3.45公里。河面宽15-20米，河底高程5.5-9米，底宽4米；堤顶高12.5-13.2米，顶宽3-4米；控制面积20平方公里。新河的开凿，缩短了防洪线路，雨季拦引南部横山下流的山水，便于防洪排涝。但由于河底高程超越三干河底高程较大，蓄水能量差，枯水期多段呈干涸状态，不能充分发挥其抗旱能力。

胜利河，源于陶吴镇西部山丘，经陶关镇流入禄口、秣陵，于凤凰山西侧汇入云台河，本镇流长约2.5公里。

赤山湖，位于句容县城西南33华里处，西临赤山。该湖历史源流有二：一是承受境内东南茅山、方山、丫髻、瓦屋、浮山、虬山诸山之水，二是承受境北仑山、武岐、空青、华山诸山之水。两源总来水面积806.13平方公里，分流汇合于湖，下注秦淮河入江。赤山湖原为自然湖荡，向称水柜，经历代围垦利用，湖面缩小。唐宋时，湖周围部分辟为田亩，据为庐舍。20世纪50年代后期至60年代，在湖河上游兴建中、小水库43座，在浚河建闸分洪，将湖堤及南、中、北河进行改线，裁弯取直，将赤山滚水坝及花兰墩节制闸作废，在陈家边翻水站西侧，兴建赤山闸一座；将原南、北二源，九河进水，改为南源由南、北、中三河进水，原从允盛桥入湖的北源来水直入秦淮河。经过整治，赤山湖水面由原来14，3平方公里缩小到7.8平方公里。

北山水库，原名普渡桥水库，位于县境北部句容河二支河上游，库区在大卓、亭子两乡境内。1958年4月开始兴建，1960年1月大坝高程52米时（设计高程60米）即合龙蓄水，后经三次配套续建，建成3孔溢洪闸，最大泄洪量250秒立米，坝顶长260米，顶宽6米，水域0.8万亩，平均水深4.15米。先后在大坝东端建成东干渠输水隧洞和提水站、发电站各一座。1978年对大坝戴帽加高到60.5米，并建浆砌块石挡浪墙一道高1.5米，墙顶高程61.5米。

二圣水库，位于句容县中部缓岗地区，秦淮河支流的北河上游。1958年3月动工兴建，1960年6月大坝合龙，坝顶高程18.5米，砌做块石护坡。1967年进行续建配套，坝顶高程21米，顶宽6米，长1520米，水域2.05万亩，平均水深1.93米。1969年兴建补水站一座，装机6台255千瓦。1973年在坝埂北端建成单孔12米混凝土浮体闸一座，最大流量108秒立米。1977年对大坝采取戴帽加高，顶高加到22米，坝顶增建浆砌块石挡浪墙一道，高2米，顶高程23米，溢洪闸以北增开非常溢洪道，增加行洪能力，确保汛期安全。1979年，在北涵出口处建成水电站一座，装机1台，18千瓦。

句容水库，位于县城东北句容河上游，距县城4公里，开始以“戴家边”村命名，1963年改名为句容水库，水域0.86万亩，平均水深2.48米。县自来水厂和县化肥厂工业用水均取之该库。水库主体工程于1958年4月开始兴建，1962年10月建成，大坝顶高程31.8米，坝顶长848米，北端设明渠溢洪道。1968年改建成3孔溢洪闸，设计流量90秒立米。1977年在大坝北端增开非常溢洪道，1972年7月3日暴雨，开启溢洪闸泄洪时，发现第一级消力池底部被冲坏，闸门和工作桥有剧烈震动。1984年对溢洪闸进行加固处理，改建陡坡和消力池，增建坝顶挡浪墙一道，拓宽闸下排洪河道，最大泄洪量100秒立米，加固工程于1985年8月完成。

自句容县下三岔至房家坝，长23.39公里，是秦淮河上游重要的排洪干河。房家坝向东北与向北有2条源流，它上承武岐、空青、大华诸山286.5平方公里面积的来水，经三岔向西汇入秦淮河，素称秦淮北源。

据史志记载：南宋庆元年间(1195─1200年)，县民许椿捐资起筑黄埝土坝。明万历二十九年(1601年)，句容知县茅一桂，自浦头(今北山水库)至下三岔之间，“建闸三四重，蓄水灌溉通舟楫”。万历四十三年，南京工部尚书丁宾开秦淮河，上抵句容县城南门。

民国24年，江苏省建设厅派员疏浚秦淮河上游句容段，长6.9公里，后因山洪暴发，冲毁拦河坝而停工。

1955年冬，疏浚黄泥坝至县城东门桥河段，有1万余劳力参加施工，完成土方49万立方米。1974年冬疏浚句容河，并将其上段改道，自老南门桥直线经长龙山、兆文山之间至周岱与老河衔接。后因长龙山、兆文山是砂石土层，不易开挖而停工。

1976年春建成新赤山闸。

1977年秋，重新修改河线，工程分为二期实施:第一期工程由周岱至南门桥，长7.81公里，1978年春节时开工，完成土方314万立方米，1978年冬，第二期施工，从南门桥至房家坝，完成土方146万立方米，增建房家坝二级跌水和兴建250千瓦水力发电站一座，公路桥4座，农桥和涵洞18座。

宋庆元年间(1195～1200年)，县民许椿捐资起筑黄埝土坝，渚积水利，灌溉民田。元至正七年(1347年)到明洪武十年(1377年)，自黄埝河至县南桥能通舟楫。明万历二十九年(1601年)句容知县茅一桂曾议开句容河自铺头(今北山水库)至下三岔之间，建闸三四重，蓄水灌溉通舟楫。万历四十三年(1615年)南京工部尚书丁宾准开秦淮河道，上抵句容县城南门。民国24年(1935年)江苏省建设厅遴员疏浚秦淮河句容段长6.9公里，后因山洪暴发，冲毁拦河坝而停工。

1955年冬，对句容河初步拓浚。先从黄埝坝至县城东门桥开始，长7公里，河底标高6.5～8米，底宽5米，上工劳力10150人，完成土方49.6万立米。1959年冬，疏浚夏三岔至陈家边，长3.5公里，河底标高2.7～2.9米，河底宽10米，堤顶高13.2～13.4米，顶宽4米，完成土方56万立米。

1974年发大洪水，句容河道排泄不畅，县城三面被洪水包围，一片汪洋。是年秋，进行全面规划，决定将句容河上段改道，由老南门桥直线经长龙山与兆文山之间开挖新河到周岱村接老河，裁弯取直，长度减少三分之一，减少挖废土地。当年冬，抽调石狮、城东公社1万劳力施工，并有半机械化配合。由于事先未经地质探勘，施工中发现兆文山、长龙山是砂石土层，量达70余万立米，不易开通而停止开挖。1977年秋，县委修改治理句容河方案，经过实地察勘，提出从县城东南郊直插兆文山、杜家山之间，经方便村大弯向南，至石人头南接周岱老河，分两期施工。第一期工程，周岱至南门桥，长7.81公里，于1978年春节开工，动员18个公社及县城机关、厂矿等8.5万人大战句容河，完成土方314.29万立米。是年冬，进行二期工程施工，从南门桥至房家坝，长2.39公里，发动5个公社17840人，完成土方145.94万立米，并完成桥涵等配套工程，国家投资经费299.3万元。为沿河两岸环城、石狮、三岔3个乡的两万余亩农田的排洪、引灌以及今后发展航运打下基础。

三国到南北朝时的破岗渎、上容渎水运曾一度繁荣，唐宋时的盐港（下蜀港）和元明时的龙潭水马驿因长江主泓道北迁，南岸淤涨而废弃；清代浚拓便民河，促使沿江水系水运复苏，而秦淮水系和太湖水系河道，因多数河床比降悬殊，坡陡流急，不利水上运输，少数河床淤垫，通航困难，1979年仅有七级以下航道76.5公里，常年营运的仅大道河航道2公里。

句容河航道，自句容河房家坝发电站以下，经东门桥、句容河桥、南门桥、瓜子沟、杜家村、石狮方便桥、黄埝坝，陈家圩、阙巷、三岔赵家桥、戴坞村至赤山友谊桥止，长19.3公里，为七级航道。1955年拓浚黄泥坝至东门桥段。1959年又疏浚下段。1978年大规模整治后，自房家坝以下的10.2公里，河底标高为4米，底宽13～15米，航闸控制水位7米，可通航吨级为20吨。

秦淮河源头句容河流域主要有句容市，该市地处苏南，东连镇江，西接南京，是南京的东南门户，素有“南京新东郊、金陵御花园”之美誉。全市总面积1385平方公里，总人口约60万，是长江三角洲一座集港口、工业、商贸、旅游为一体的城市。句容于西汉元朔元年(公元前128年)置县，迄今已有两千余年的历史，是江苏省最早建县的13个文明古县之一。1995年4月经国务院批准撤县设市，是国务院最早公布的对外开放地区之一。是中国优秀旅游城市、国家级生态示范区、全国科技工作先进市、国家卫生城市、国家环保模范城市、中国草莓之乡、江苏省文明城市。境内气候温和，山水秀丽，人文荟萃，古迹众多，有道家“第一福地、第八洞天”——茅山，“律宗第一名山”——宝华山。句容自然资源丰富，矿产品种多样，旅游资源独特，农业资源丰富，还拥有3.7公里的长江深水岸线。句容区位优越，交通便捷，沪宁高速、宁太高速、宁杭国道、312国道等八条国、省道横贯东西南北。句容经济社会快速发展，综合实力显著增强，城市面貌日新月异。2013年完成地区生产总值385.65亿元，人均地区生产总值（按常住人口计算）61877元，公共财政预算收入30.51亿元，全国百强县排名第63位。