《只有花知晓》是宝井理人继《星期恋人》后所连载的第二部耽美漫画作品。漫画《星期恋人》的剧情由橘红绪创作，宝井理人仅负责绘画；而在《只有花知晓》中，宝井理人却需要自己构思故事情节，对此宝井理人感到紧张和不适。宝井理人向往校园的美好生活，因此决定将漫画的主题定为校园中的恋爱作品，并怀抱着对校园生活的憧憬心情完成了漫画的创作。而在单行本封面上，宝井理人选择了白木莲作为封面背景。白木莲的花语是“对自然的爱”，宝井理人认为白木莲很适合漫画的主角御崎诏太。