青海可可西里国家级自然保护区内河水流域几乎遍及整个保护区；湖泊众多，据统计面积大于1平方千米的湖泊有107个，总面积3825平方千米，湖泊面积在200平方千米以上的有6个，1平方千米以下的湖泊有7000多个，因此被称为“千湖之地”。

青海可可西里国家级自然保护区现代冰川广布，区内有冰川255条，面积750.7平方千米，冰储量816.489亿立方米。保护区地处多年冻土地带，冻土面积占保护区面积90%以上，冻土最厚达400米。冰川和冻土是巨大的固体水库。

青海可可西里国家级自然保护区土壤类型主要有高山草甸土、高山草原土和高山寒漠土三个地带性土壤。其次为沼泽土，零星分布的有草甸土、龟裂土、盐土、碱土和风沙土等，土壤类型比较简单。

青海可可西里国家级自然保护区因海拔高、气候干旱寒冷，形成了典型的高寒气候特征。在西金乌兰湖地区有一明显的相对暖区。年均温为-10.0℃～4.1℃，最低气温-46.2℃。分布趋势是由东南向西北逐渐降低。最冷月出现在1月份，最暖月在7月份。年均降水量在173～495mm之间，由东南向西北逐渐减少。降水主要集中在5～9月份，占年降水量的90%以上。可可西里地区由于受高空强劲西风动量下传的影响，成为整个青藏高原和全国风速主值区之一，年均风速分布由东南、东北向腹地及西部逐渐增大，等值线基本呈“喇叭口型”。风速在8.0～3.5m/s之间。

青海可可西里国家级自然保护区保护范围为：东至青藏公路，西至青海省界，北至昆仑山脉的博卡雷克塔克山，南至格尔木市唐古山乡与治多县界，东经89.25°～94.05°，北纬34.19°～36.16°，总面积约4．5万平方千米；核心区为可可西里山与乌兰乌拉山——冬布勒山之间，面积1.55万平方千米。

青海可可西里国家级自然保护区现有高等植物约202种，分属30科102属。以矮小的草本和垫状植物为主，木本植物极少，仅存在个别种类，如匍匐水柏枝、垫状山岭麻黄。200多种植物中，青藏高原特有种和青藏高原至中亚高山、西喜马拉雅和东帕米尔分布的种在区系成分中占主导地位。并有一定数量的北极高山成分，而温带亚洲分布的种较少，温带和世界广布的种极其个别，仅出现在环境相对稳定的水域生境中，如海韭菜和眼子。据初步统计，该区青藏高原特有种有84种，约占该区全部植物的40%，其中青海可可西里地区特有种和变种约有8个以上。青藏高原至中亚高山、西喜马拉雅、东帕米尔分布的种50个左右，占该区植物的35%。北极-高山成分约有5种。

青海可可西里国家级自然保护区已知哺乳类动物有30种，隶属于5目12科20属；鸟类有56种，隶属10目22科。此外，本区产2种裂腹鱼类及4种鳅类，几乎全为高原特有种。爬行动物仅青海沙蜥1种。拥有野牦牛、藏羚羊、野驴、白唇鹿、棕熊等青藏高原上特有的野生动物。可可西里是中国动物资源比较丰富的地区之一，拥有的野生动物多达230多种。由于该区地势高亢，气候干旱寒冷，植被类型简单，食物条件及隐蔽条件较差，动物组成简单。但是，除猛兽猛禽多单独营生外，有蹄类动物具结群活动或群聚栖居的习性，种群密度较大，数量较多。

青海可可西里国家级自然保护区管理局内设办公室、保护管理科和计划财务科，组建可可西里国家级自然保护区森林公安分局；外设五道梁保护站，不冻泉保护站，沱沱河保护站和库南科研站（含三个生态监测站），编制35人，行政上归玉树州人民政府领导，业务上由青海省林业局管理。已建成森林公安分局和五道梁保护站、不冻泉保护站、楚玛尔河保护站、沱沱河保护站、卓乃湖保护站。截至2014年，管理局共有工作人员58名，其中森林公安干警13名，林政人员22名。临时工23名。格尔木基地占地面积5.03亩，有房屋21间。

青海可可西里国家级自然保护区的藏羚羊、野牦牛、藏野驴、藏原羚等珍稀野生动物、植物及其栖息环境、自然景观等。

1、宣传教育，保护区每年都要在保护区周边地区和109国道五道梁、沱沱河、二道沟、西大滩等地和格尔木集中进行3次以上声势浩大的保护宣传月和大型宣传活动。采取群众喜闻乐见的黑板报、实物展览、讲解答疑和散发宣传材料等多种形式，向群众宣传野生动物和生态环境保护的意义及有关法律法规，与周边地区的牧民、单位、驻军和群众召开座谈会，共商保护大计，向过往于青藏公路的司机人员进行野生动物保护讲解，利用109国道上建设的100多个宣传栏进行长期宣传教育，并在可可西里东缘109国道设立石制宣传碑。几年来在群众中发展内线66名，培养义务宣传员72名，召开座谈会183起，组织各种学习班36次。举办宣传月和大型宣传17活动次，散发宣传材料20多万份，受教育群众达18万人次。2014年3月至4月，组织600多幅在反盗猎和工作生活中拍摄的照片。制作成130块展板，10万份宣传册和3万枚纪念章，在北京、石家庄、济南、青岛、南京、杭州、上海、西安、西宁进行了为期一个多月的可可西里生态和藏羚羊保护巡回图片展，各地直接参观展览的各界人士达30万人。有200多家电视、电台，报纸、网络和杂志报道了这次巡回展出，收到了非常好的宣传效果。

2、严厉打击盗猎、捕捉、倒卖、运输藏羚羊等珍稀野生动物及其产品的违法犯罪活动。到目前为止，管理局已出动车辆324车次，人员1238人次，行程30多万千米，组织大规模巡山69次、中小规模巡山87次，破获盗猎、非法捕捉、倒卖、运输藏羚羊等珍稀野生动物及其产品的案件76起，其中重大、特大案件11起，抓获犯罪疑人和违法人员284人，收缴小口径步枪14枝。子弹25000多发，汽车29辆，藏羚羊皮2906张和其它野生动物活体、尸体及产品。同时，通过巡山清理偷采砂金人员7200多人，阻止和驱逐偷捞卤虫人员9800多人，杜绝了乱采乱挖现象，使可可西里得到了宁静。

3、严禁非法穿越。2017年11月，青海可可西里、新疆阿尔金山和西藏羌塘国家级自然保护区联合发布公告，禁止一切单位或个人随意进入保护区开展非法穿越活动。对因非法穿越活动造成保护区自然资源、生态环境严重破坏的单位或个人，保护区将交由公安机关处理，直至追究刑事责任；造成人身伤亡等事故，责任由开展活动的单位或个人承担。

2020年9月4日，青海格尔木市公安局发布通告，禁止一切社会团体或个人随意从格尔木前往玉树州可可西里自然保护区开展旅游、探险、非法穿越等活动。凡是出租车、私家车由格尔木载客前往可可西里自然保护区的一律必须先行前往公安机关进行备案。

1989年至1990年，中国科学院和青海省政府对可可西里进行了大规模综合科学考察，并提出了建立自然保护区的可行性报告。

1996年，可可西里被列为省级保护区，随后成立了保护机构，并晋升为国家级保护区。早在1988年，国务院就提出了在可可西里建立自然保护区的意见。

2009年7月，青海可可西里国家级自然保护区二期工程开始实施，投资862万元。该工程于2013年（也有信息表明是在2024年，但考虑到工程实际完成时间和验收流程，2013年更为合理）通过省级验收。主要建设内容包括保护工程（如建设标桩、标牌、野生动物迁徙监测塔，购置通讯设备等）、科研宣教工程（如建设和购置科研设备、宣教设备等）和基础设施工程（如为卓乃湖保护站和清水河保护站建立生活办公地等）。

2014年11月，青海可可西里申报世界自然遗产工作启动。

2017年7月7日，在波兰克拉科夫举行的第41届世界遗产大会上，青海可可西里经世界遗产委员会一致同意，获准列入《世界遗产名录》，成为中国第51处世界遗产。

青海可可西里国家级自然保护区是羌塘高原内流湖区和长江北源水系交汇地区。东部为楚玛尔河水系组成的长江北源水系，西部和北部是湖泊为中心的内流水系。区内1平方千米以上的湖泊有107个。200平方千米以上的湖泊有7个，最大的乌兰乌拉湖，湖水面积544.5平方千米，是青海省第四大湖。可可西里湖泊大部分为咸水湖或半咸水湖，矿化度较高。区内现代冰川广布，冰川总面积2000平方千米，有布喀达坂冰帽冰川，马兰山冰川、岗扎日冰川等。该地区有许多奇特的自然景观，如山谷冰川，地表冻丘、冻帐、石林、石环、多彩的高原湖泊，盐湖边盛开的朵朵“盐花”，以及现代冰川下热气蒸腾，水温高达91℃的沸泉群等，组成了特有的旅游资源。乌兰乌拉山末端长达2000米的海相侏罗系剖面，对于开展地质、古地理、古生物等科学研究具有重要的意义。可可西里地区矿产资源主要有金、银、铅、锌、铁、石英、玉、煤、盐等。青可可西里被誉为“世界第三极”和青藏高原珍稀野生动物基因库，在自然环境保护，生物多样性保护，科学研究和生态探险旅游等方面具有重要的科研和生态价值。

可可西里管理局开展野生动物救护和科学研究以来，救护各类野生动物248只，其中大小藏羚羊177只，还建起了目前海拔最高的野生动物救护中心，对高原野生动物的救护和研究打下了一个良好的开端。开展基础性科学研究，配合中国科学院、青海省林业局开展科研活动，与浙江大学、青海大学合作开展藏羚羊科研课题，还与青海大学医学院合作建起了我国海拔最高的高原医学研究基地。

2022年7月19日消息，中国地质大学（武汉）长江源科考活动中，科考队在可可西里发现一处当地罕见的大规模“红山脉”。这一特殊地质现象的发现，将有助于加深对青藏高原隆升过程的科学研究。

青海可可西里国家级自然保护区为中国最大的无人区之一，因其自然环境的险恶，拥有独一无二的自然景观，尤其以藏羚羊及相关环境保护问题引起了社会各方面的重视，截止2014年仍被视为探险者和科考者的天堂。缓冲区外围划分的实验区可以进入旅游观光，游客可以选择自驾游穿越可可西里。

第一天：西宁→湟源峡谷→日月山→倒淌河→共和县→玛多县

沿途可以看到自然风光日月山，又称“赤岭”，是青海省农牧业区的分界线，还可以看到一条倒淌河，倒淌河是由于地壳运动，青藏高原高高隆起，将这条河流的方向改变为自东向西的方向，故称为“倒淌河”。

第二天：玛多→扎陵湖→鄂陵湖→牛头碑

乘车由玛多前往黄河源头牛头碑，途经扎陵湖，鄂陵湖，之后返回玛多县。全天行程约200千米，进黄河源头牛头碑路况较差。扎陵湖的面积为524平方千米，最大水深13.1米，平均水深8米，蓄水量30～40亿立方米，最深点分布在北岸，水下地形不对称，北深南浅。鄂陵湖面积608平方千米，最大水深30.7米，平均水深20米，蓄水量100～120亿立方米。黄河源头牛头碑位于鄂陵湖和扎陵湖两湖之间海拔4610米的措哇尕则山顶上。

第三天：玛多→巴颜喀拉山→曲玛莱

乘车由玛多出发前往曲玛莱，途中经过巴颜喀拉山，途经最高海拔5010米，路况良好，沿途观赏自然风光。巴颜喀拉山属昆仑山脉东延部分，位于青海省中部偏南，蒙古语的意思是“青黑色的山”，西接可可西里山，东接邛峡山和岷山，这里是长江源和黄河流域的分水岭，北麓的约古宗列曲是黄河源的所在地，南麓是长江北源所在地。

第四天：曲玛莱→曲玛河→五道梁保护站

乘车由曲玛莱出发前往不冻泉，途中经过曲玛河乡，沿途观赏自然风光，野生动物。可可西里五道梁保护站附近的野生动植物资源十分丰富，动物有290余种，占全国六分之一，鸟类110余种，占全国四分之一，沿途可以观赏到威猛的野牦牛，形态可掬的藏野驴，精灵可爱的喜马拉雅旱獭，性情温顺的藏羚羊、及大鵟、斑头雁等。道梁保护站是可可西里保护区四个保护站之一，现已迁至2997千米处，是进出保护区的咽喉所在，海拔4680米，距格尔木市256千米。

第五天：五道梁保护站→可可西里腹地库赛湖→索南达杰保护站

乘车由可可西里五道梁保护站的巡山队员带队进入可可西里保护区库赛湖，中午野餐，观赏高原野生动物：藏羚羊，野牦牛，藏野驴等，也可与巡山队员共同感受抓捕盗猎分子的场景。库赛湖是青藏公路往可可西里核心区走的第一个湖，即海拔最低的盐湖，其海拔4440米。往西走，依次经过了面积超过200平方千米的库赛湖、卓乃湖、勒斜武担湖等。

第六天：

格尔木→都兰古墓群→茶卡盐湖

乘车由格尔木出发前往茶卡，途中经过柴达木盆地，抵达茶卡，参观茶卡盐湖。

第七天：茶卡盐湖→青海湖→金银滩→西宁

乘车由茶卡出发返回西宁，途中参观青海湖，金银滩草原，抵达西宁。