台东县政府是台湾省台东县地方自治事项的最高行政机关，并执行中央机关委办事项。在台湾当局架构中，为县级地方自治的行政机关。由于1998年台湾省政府业务精简（虚级化），台湾省不再是“地方自治法人”并改为行政机构派出机关，因而台东县地方自治事项改由台湾内政部作为监督机关。同时台东县政府也是辖区内各乡、镇、县辖市的地方自治监督机关。