台江之名源自17世纪台湾岛西南之潟湖台江内海，但清中叶以后潟湖逐渐陆化，沙洲（或称鲲鯓）亦与陆地连为一体，仅余四草湖、鲲鯓湖等较大遗迹，也留下大片湿地，为重要生物栖息区。过去亦规划“四草野生动物保护区”、“云嘉南滨海国家风景区”等加以管理。另外台江亦为历史上数起关键事件发生地，例如郑成功由鹿耳门水道进入内海，从荷兰人手中收复台湾。

于四草、台江地区设立公园为台南市第14任市长许添财竞选时所提出之政见，当选后即积极推动此计划。在多次确认范围后除增加台湾海峡海域部份外，亦将邻近之七股乡一并纳入并拟名台江黑水沟公园，其中黑水沟为台湾海峡之俗称。2009年6月29日台湾当局内政主管部门通过计划，确立以台江为名、同年10月15日正式成立。