台湾“最高法院”前身亦可追溯至1914年北洋政府所设置掌理行政诉讼的平政院，然当时平政院系一直接隶属于“总统”之机关，不仅受理行政诉讼之审判，且设有肃政史，得纠弹官吏违法事件。1928年国民革命军北伐成功，国民政府定都南京，公布训政时期约法，该法即于“司法院”下设立行政法院，与最高法院并列。1930年代初，行政诉讼法及相关组织法公布施行。1933年正式成立“行政法院”，当时的行政诉讼制度采一级一审制，故只有设立“行政法院”一所，集初审、终审、事实审、法律审于一身。

然而“行政法院”平均1年受理案件仅40余件，迁往台湾后的1950年，因当时所辖人口不足千万及政经环境受限于兵马倥偬的关系，全年更仅23件；唯其后工商发达，民众对于权利保护的思想已开，至1996年“行政法院”收案已逾6000件，期间改制呼声渐增。迨至1998年、1999年“新行政诉讼法”及“行政法院组织法”依次修正通过后，2000年7月1日正式实行新制，行政诉讼之制度始改为二级二审制，原“行政法院”做为终审法院，即更名为“最高行政法院”。