2008年5月12日傍晚，远航发布股市重大讯息，因资金问题，自2008年5月13日起暂时停止营业，公司经营濒临倒闭危机。

2008年5月26日，台北地方法院驳回远航申请的公司重整案。

2008年6月3日，由于未如期完成要求的改善事项，台湾当局“民航局”报请台“交通部”收回远航所有的台湾岛内航权 ；2008年6月17日，台“民航局”暂时收回远航的国际航权，最终不堪重负而结业。

远航暂停营业后，金门县县营企业金门酒厂实业在董事长雷倩的主导下，曾计划投入新台币22亿元买下远航40%股权以取得经营权，但遭金门县议会否决而作罢。以旅游为事业核心的六福开发也有意接手远航，但只愿部分承接，不打算概括承受远航的巨额负债。远航如顺利进行重整，将有可能转型为廉价航空公司，或另以新公司承接远航原有的员工及设备。

由于远航发生财务危机，因此导致远航无法参与经营2008年7月4日开始的两岸定期包机。

2010年11月27日上午10时，远东航空飞机注册编号为B-28025的麦道MD-83飞机从松山机场起飞，12时20分降落，成功完成特种试航。台“交通部”“民航局”于29日发放试航证给远航，但远航若要复航台湾岛内航线，至少还要再完成1架航机试航，并缴纳新台币5千万营运保证金。

2011年4月18日，远东航空公司飞机从台北松山机场飞抵金门尚义机场，这标志着因财务问题停飞的远东航空开始复航。

1957年：6月5日由胡侗清创立。

1958年：开始拓展航空测量摄影及海上探勘等业务。

1962年：开始开辟台北—高雄定期航线。

1993年：奉民航局核准经营国际包机业务。

1995年：中华开发信托及南山人寿保险集团入主取得远航经营权，并开辟了帕劳、苏比克湾等航线。

1996年：机务维修方面荣获ISO-9002认证。

1997年12月：在证券柜台买卖中心股票上柜。

2003年：统计有员工1000多人。

2008年2月14日：因爆发财务危机，改列为全额交割股票。

2008年2月23日：台北地方法院裁定远航得以紧急处分。

2008年4月29日：台北地检署深夜声押远东航空公司前董事长崔涌及前总经理陈尚群。

2008年5月7日：债权人远东国际商业银行股份有限公司请求远东航空股份有限公司准予重整。

2008年5月12日：远东航空公告自5月13日起暂停营业。

2008年5月20日：远东航空公司向法院声请展延紧急处分，获台北地院裁定延长90天。

2008年5月21日：远东航空理事长陈国良请辞董事,同日下午劳资协商破裂。

2008年5月21日：远东航空董事长白旭屏、董事粱怀信于傍晚五点半请辞。

2008年5月26日：台北地方法院驳回远东航空及远东商银申请重整远东航空公司两案。

2008年5月28日：远东航空员工50年来头一遭前往立法院陈情，希望政府介入公司营运，要求大股东出面挽救公司并立刻发放积欠薪资。

2008年6月2日：由于远航长期积欠千员工薪资，民航局决定即刻起，收回远航的5条航线，包括金马澎、台东、高雄航线经营权。

2009年4月11日：民航局以远航国际航权已到期为由，收回远航的帕劳、济州、河内等10条国际航线。2009年4月30日：台北地方法院裁定准许重整，并指定远航代理总经理关思屏、新投资人陈文正与董事富寓投资公司为重整人，另由远东商银、张秀夏律师、胡立三会计师担任重整监督人。

2009年6月2日：民航局公布下年度两岸包机航班分配，民航局为远航保留15班两岸航班，其额度先由其他业者使用，待远航复航再归还。2010年11月27日：远东航空在台北机场试飞成功，两小时后重返台北机场。

2011年4月18日：复航台北松山至金门航线。

2011年10月31日：开通石家庄至台北航线，为每周一执行1班，航班号为FE121/2，具体时刻为10时台北起飞，13时30分飞抵石家庄，14时30分从石家庄起飞，18时飞抵台北。

2012年1月29日：开通高雄--成都定期航班，执行每周一趟航班，周日飞行。

2012年3月2日：开通的台湾马公——武汉——马公航线，航班号为FE251/2，班期为每周2班，周二、五各1班，承飞机型为麦道83（MD83），最大载客165位。

2013年1月29日：开通 马公--青岛--马公航线，每周1班，上午9时45分从马公机场出发，中午12时20分抵达青岛流亭机场；回程当天下午1时20分起飞，下午4时返抵马公。

2013年7月31日：开通高雄――南昌航线。

2019年12月12日：宣布停业。

远东航空所经营的国际航线包含：济州岛、首尔、亚庇、帛琉、峇里岛、佬沃、普吉岛。另有至菲律宾的定期包机航线以及货运航线。所经营的台湾岛内航线包含：台北、高雄、马公、花莲、台东、金门。2012年3月份，开始经营马公到武汉的两岸定期航线。

2013年4月3日一架台湾远东航空公司MD-82型、编号066的班机，从金门飞往台北，起飞20分钟后，右发动机突然传出“砰”的一声巨响，机身开始摇晃，飞机速度下降。机上100多名台湾乘客和30多名福建游客，吓得不知所措。机长采取果断措施，透过广播告知要飞回检修，并安全返降金门机场。

远航技术人员在检修后研判，是右引擎吸入飞鸟所致。远航航务处副总经理卢纪融表示，这是很单纯的引擎吸入飞鸟事件。

2014年5月16日电 据台湾“中央社”报道，台湾远东航空编号025次班机当日上午9时45分自台北松山机场起飞往澎湖马公机场，10时45分降落时冲出跑道，压坏跑道头灯，班机以拖车拖回，165名乘客均安。

台交通部门马公航空站主任洪健男表示，马公机场正在整修中，因此缩短跑道距离营运，远航班机虽然冲出跑道，但仍在柏油硬面，未冲到草地上，班机由拖车拖回停机坪，才让旅客自空桥下机。

洪健男说，马公机场因这起事故关场45分钟，上午11时30分恢复营运，共有5班进场、3班离场航班因此延误。

远航班机已由地勤人员检修后初判没有受到严重损坏，台湾行政机构“飞安会”已接手调查这起飞安事故。