青年时期在上海震旦学院肄业。

在震旦学院时，深受院负责人马相伯的器重。震旦学院因是借天主教会名义办学，故屡遭教会压迫，叶仲裕遂与马相伯等起而斗争，后脱离震旦，于清光绪三十一年(1905年)另创复旦公学(即今复旦大学)，叶任学长。初创时经费拮据，叶仲裕冒酷暑到南京、扬州、淮阴等地募集资金，使学校得以维持。

光绪三十二年(1906年)参加光复会，与会员沈瓞民等发起组织浙江旅沪学会，继而创办《神州日报》。曾被推举为浙江国会赴京请愿代表，回浙后创办《全浙公报》，鼓吹民族革命，并兼任杭州安定中学监督。

光绪三十三年(1907年)，清政府出卖浙江境内自嘉兴经杭州到宁波的铁路修筑权给英国，由英国资本为主，而已经集股成立商办铁路公司，准备开工的浙江绅商只被允许分购股票。消息传来，立即激起了浙江铁路公司和商界、学界的强烈抗议。