熙宁三年（1070年），叶祖洽高中状元。

北宋熙宁三年（1070年），刚中状元的叶祖洽任兵部职方司郎中掌管天下图籍；这年，正好他的同僚好友、尚书右司郎中张汝贤出任福建路按察使。叶祖洽委托他以“天下无水不朝东”但山东曲阜孔府门前的泗河却向西流了三百里所以才出了孔圣人为由向皇帝建议：家乡归化县（蛮夷归顺王化之意）的杉溪，从县城到梅口乡向西流了三十华里，也算是人杰地灵的宝地，应改归化县名。那时，泰宁也还真是个人杰地灵的好地方，文风蔚然、文声鹤起，仅熙宁三年至九年间即出现“七年三科六进士、一状元”。元祐元年(1086年)，宋哲宗赵煦准奏，将曲阜孔子阙里的府号“泰宁”赐为县名，以表示爱宠、褒扬和鼓励。

据说，叶祖洽高中状元与当时北宋年间王安石“变法”的政治斗争相关联。王安石（1021-1086），字介甫，晚号半山，抚州临川（今属江西）人。宋仁宗 庆历二年（1042）进士。神宗熙宁年间两任同平章事（宰相），实行变法，企图 改变宋朝积贫积弱的局面。熙宁三年，正是王安石“变法”派的主要骨干吕惠卿为主考官。关于这一榜的状元的取舍，《续资治通鉴》有这样一段记载：殿廷试策时，“祖洽策言:‘祖宗多因循苟简之政,陛下即位,革而新之。’其意在投合也。考官吕惠卿列阿时者在高等，讦直者居下；刘攽覆考，悉反之。李大临、苏轼编排上官均第一，叶祖洽第二，陆佃第五。帝令陈升之面读均等策，擢祖洽为第一。……苏轼谓：‘祖洽诋祖宗以媚时君，而魁多士，何以正风化。’乃拟进士第一篇献之。”叶祖洽就是这时以支持“变法”的身份入选状元的。他的入仕正逢王安石第一次为相推行新政的高峰期，很快被委以重任，奉派签书奉国军判官，继而判登闻检院，任国子监丞。叶祖洽也确实为推行新政尽了一份力。他为新政收集朝野舆论，发现、培养和推荐“变法”新人，深得王安石等“变法”派倚重。

熙宁九年（1076年）春天，朝中一些保守派大臣利用天上出现慧星这一自然现象趁机攻击新法。宋神宗对实施新法又动摇不定。 王安石见无法继续贯彻自己的主张，只好辞去宰相职位。朝中主张新政的一些大臣如吕惠卿等也相继辞职。叶祖洽也受到了保守派的打击，熙宁十年他以国子监丞出任湖州知县，继而留任校书郎闲职。

元丰末年至元祐初（1085-1086年），叶祖洽才擢为兵部职方司员外郎，加集贤校理，进礼部郎中。

元祐年间（1086-1094年）因宋哲宗年幼由宣仁皇太后听政后，复用司马光、吕公著等一批守旧派大臣，废除新法。叶祖洽坚持自己的政治主张一再上奏牍，表明自己的政治立场，维护变法，遭到守旧派臣僚的弹劾。给事中赵君锡抓住叶祖洽参加科举殿廷试策问答卷中有“祖宗纪纲法度因循苟简，愿朝廷与大臣合谋而新之”一语，说是诽谤朝廷，要治叶祖洽的罪。哲宗把此事交给大臣们定议。当年的考官苏轼、刘攽主持公道，认为赵君锡：“可以为议论乖谬，若谓之讪则不可”。但是，左正言姚勐又以叶祖洽协助王安石制订与推行新法，官府与民争利，显然是“贪鄙无状”为理由提出弹劾。于是，叶祖洽被贬谪外放任广西刑狱，不久又改任江苏海州知县。

绍圣元年（1094年），宋哲宗亲政，重用革新派章惇，重新推行新政。叶祖洽也被召回，先后任中书舍人、给事中等要职。

绍圣四年（1097年），廷议追贬元祐党人。这是个非常敏感的政治话题。尤其是对王珪、蔡确的定性。叶祖洽提出对元丰年间已受处理的王珪、蔡确两人必须区别对待。他认为王珪是个“取圣旨、领圣旨、得圣旨”而无己见的“三旨”相公，蔡确则是维护新法的核心人物，常平、免役诸法都出自其手，且吴充、王珪先后要废新法时，都在他坚持下而保持下来。哲宗认为王珪定立哲宗有功，而黄履、来之邵、张商英、刘拯都上奏蔡确才是定立有功。叶祖洽上疏哲宗说：“当先帝违豫，臣适在朝廷，亲闻士论籍籍罪珪。伏乞特下有司，正珪之罪。”哲宗不得已，只好：“珪遗表恩例并行追夺，所赐宅拘收入官，追贬珪万安军司户参军。” （《续治资通鉴·宋纪八十五》）但，哲宗也因此嫌弃祖洽。同知枢密院事林希力荐祖洽“最向正”，可付重任，而哲宗则认为“不可大用”。

元符二年（1099年），邹浩因上奏哲宗说不应随意废孟后而立刘妃而被贬编管安徽新州时，王回去为邹浩送行被认为是同党也遭到坐贬。由于叶祖洽曾荐过王回，哲宗籍此将叶祖洽贬到济州，后又徙迁至江西洪州。

元符三年（1100年），徽宗即位后起用革新派曾布与守旧韩忠彦同为相。叶祖洽与曾布私交甚深，曾布推荐叶祖洽入京。关于叶祖洽的任职，曾布与韩忠彦有过一番斗争。据《续治资通鉴》载：“以知洪州叶祖洽为宝文阁待制，代吕希纯知瀛州；吕希纯改知颍州。帝以河朔诸帅皆元祐人，欲尽易之，故希纯、祖洽有是命，皆曾布为请也。布初拟召祖洽为侍郎，帝许之；韩忠彦以为不可，乃止。”后经曾布再三提请，徽宗同意叶祖洽出任吏部尚书。叶祖洽为吏部尚书后仍忘不了王珪的事，他又上书徽宗说：“王珪罪恶，比刘挚等最为暴著，今罪罚轻重不侔，何以慰天下公议！”结果，诏：“珪诸子并勒停，永不收叙。”（见《续资治通鉴》）叶祖洽在任内竭力选拔合适人才，支持曾布改革。

崇宁元年（1102年），曾布被罢相后贬为江苏润州知州。随之，一大批变法革新派官员也都受到了罢贬。叶祖洽被贬为河北定州知州。离京之前，叶祖洽又一次向徽宗陈述己见，认为自己力请贬王珪，为蔡确请命都是为社稷着想。但徽宗并不这样认为，他责斥叶祖洽“狂妄浮躁”，降为集贤殿修撰，提举冲佑观。叶祖洽被列入元祐党籍，朝廷不予重用。至政和初，叶祖洽才被任命为洪州知州，继改任安徽亳州知州、加徽猷阁直学士衔。

政和七年（1117年），叶祖洽卒于亳州官署。

叶祖洽死后被赐葬于建康府（今南京）宣义乡雁门。叶祖洽一生维护变法，立场坚定，不屈不挠，旧志赞叹他是“风骨严峻”之人。