司令礁位于南沙群岛东部，北纬8度22分-24分，东经115度11-17分范围内 ，在南华礁之东南、榆亚暗沙之东北约25海里处。

为一个长形环礁，没有口门发育，船只不能入潟湖。潟湖水深5.5-14.5米，中央有高0.6米的沙洲将浅湖一分为二，东端有礁高出海面0.3米。礁盘外坡急陡，水深突变为2,000米。从卫星图上可以看出司令礁沙洲的面积较大。环礁长16公里，总面积27.5平方公里。

我国渔民称司令礁为眼镜，因为低潮整个环礁露出，中间有0.6米高的沙洲把礁湖分成东西两半，形似眼镜，类似南海礁之形。

当地盛产马蹄螺、海参和砗磲，我国渔民常常到司令礁海域捕捞。

司令礁四周的礁有：北海面的校尉暗沙（Northeast Shosal），东北面的南乐暗沙，东面的双礁(Glasgow Bank)，东南的都护暗沙(North Viper Shoal)，东方更远海面的指向礁(Director Shoal)。