人民法院、人民检察院依法独立行使审判权、检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。行政机关、社会团体和个人不得以任何理由、任何方式对人民法院、人民检察院进行的刑事诉讼活动加以干涉。

这一原则所强调的是人民法院和人民检察院集体行使审判权和检察权，而不是法官、检察官个人独立行使职权。由于人民法院和人民检察院实行不同的领导体制，因此它们独立行使职权的主体范围有所不同。人民法院上下级之间的关系是监督关系，而不是领导关系。每个人民法院的审判活动各自独立，上级人民法院对下级人民法院的监督只能通过第二审程序、死刑复核程序以及审判监督程序来进行，上级法院不能直接指示下级法院如何办理具体案件。就每个人民法院内部而言，独任法官和合议庭成员对一般刑事案件有独立判决权，但是疑难、复杂、重大的案件，合议庭认为难以作出决定的，由合议庭提请院长决定提交审判委员会讨论决定。与人民法院不同的是，人民检察院的上下级之间是领导关系，全国检察机关作为一个整体独立行使检察权。在刑事诉讼中，上级人民检察院有权对下级人民检察院的办案工作作出指示，下级人民检察院应当服从。就每个人民检察院内部而言，批准逮捕、提起公诉和抗诉，均由检察长决定，重大、复杂、疑难的案件由检察委员会讨论决定。