根据《新唐书》，按照顺序，高阳公主是唐太宗第十七女。由于有唐太宗时期公主的墓志记载和《新唐书》内容有矛盾，比如，在《新唐书》中，汝南公主为太宗第二女，但是其墓志上记载“皇帝之第三女也”。因此，《新唐书》上的公主排行存疑。高阳公主未必排行第十七。

高阳公主生母并未在史书上有记载。根据昭陵出土太宗妃嫔墓志概况，韦贵妃生女临川郡公主李孟姜、子纪王李慎，燕德妃生子越王李贞、江王李嚣。故可以明确知道，高阳公主的生母不是韦贵妃、燕德妃。

鉴于在《新唐书》的撰写过程中，宋代文学家宋祁和欧阳修采录的民间叙事数量非常庞大，涉及范围也很广泛，并且在《旧唐书》中，未曾提及高阳公主与辩机私通，故而这段史料来源较为可疑。

其次，高阳公主失宠的时间，史书的记载有矛盾。在《新唐书》中，唐太宗和高阳公主因为辩机这件事，两人有了隔阂。在《旧唐书》中，房玄龄病重之时，仍通过高阳公主对太宗上表，且唐太宗还曾与高阳公主评价房玄龄：“此人危惙如此，尚能忧我国家”，这说明唐太宗和高阳公主并无隔阂。

而且，高阳公主和辩机事发地点与唐代高僧管理制度不符，隋唐时僧侣管理十分严格，进出寺庙都有登记，无缘无故离寺不归不被允许，因此辩机的行为在当时实为违法，不可能多日不归而不被发现惩戒。

最后，在许敬宗为《瑜伽师地论》所作的后序是由唐太宗过目钦定的，如果辩机真与高阳公主私通，许敬宗必会知道，更不会在此文里详细提到辩机。

唐高宗继位后，高阳公主为了谋夺房遗直继承房玄龄的封爵，诬告对方对其无礼，房遗直宣称高阳公主夫妇“罪盈恶稳，恐累臣私门”，唐高宗令长孙无忌负责审理此案。

经过审问，长孙无忌表示掌握了房遗爱等人谋反的“证据”。有了“证据”，接着很快被定性为“谋反”，唐高宗又以此案为契机，不仅将房遗爱、柴令武等魏王李泰的遗党一网打尽，还顺便将对其有潜在威胁的李氏皇族中的异己分子吴王李恪、江夏王李道宗、荆王李元景等人也一并剪除。

学者江润南认为，根据唐律，此案评定的房遗爱罪责过重，是唐高宗有意为之。并且，房遗爱等人当时不具备谋反的能力。

学者郑敏也认为，房遗爱与高阳公主可能只是这次政治权斗的借口，房遗直说的“罪盈恶穗”，可以解释为高阳公主夫妇胡作非为，也可以解释为其谋反。而且，高阳公主的罪状是她与会占卜的和尚智勘、会舞神弄鬼的和尚惠弘、会巫医的道士李晃胡搞，又使宦官掖廷令陈玄运察看宫中吉凶，让道士、和尚召唤鬼神欲加害唐高宗。在永徽三年，唐高宗曾在高阳公主家做客，说明两人关系是融洽的。故长孙无忌制造这个“冤案”，可能是为了株连异己。

学者李娜、孙萍萍认为：“高阳公主的丈夫，根据记载：诞率无学，有武力。这样的丈夫自然并非公主所愿。出于对皇权巩固的需要，唐代公主驸马多为开国功臣之后，具有政治联姻性质，高阳公主毫无疑问是这一标准下的牺牲品，也导致了她在婚姻之外对情爱的寻求。”