1996年，京九铁路全线贯通，赣江东侧吉安站建成通车，时隶属刚成立的南昌铁路局管辖。

2005年，全路裁撤铁路分局采用站段管辖，吉安站隶属南昌铁路局赣州车务段管辖，现为二等站。

2005年3月，井冈山铁路（吉安南-井冈山）开工建设，2007年4月18日开通运营。

2019年10月1日，浩吉铁路（浩勒报吉-吉安）开通。

2019年12月29日，复兴号CR200J型长编动车组首次开进革命老区，吉安站正式进入动车时代。图定担当3对动车组。分别是：D727/8次（北京西-深圳），广州局担当；D733/4次（北京西-井冈山），南昌局担当；D7933/4次（南昌-井冈山），南昌局担当。