吉斯多尔在2009到2011年3月间担任霍芬海姆U23队主帅和出任一线队时任主帅兰尼克的助手。

此后他前往沙尔克04，担任斯蒂文斯的助手。

2012年12月，随着斯蒂文斯下课，吉斯多尔也离开了沙尔克。

2013年4月，在德甲联赛局势岌岌可危的霍芬海姆俱乐部宣布解雇经理安德烈亚斯·穆勒和主帅库尔茨，前助教马库斯·吉斯多尔回归接掌帅印，签约到2016年6月30日。吉斯多尔由此成为继巴贝尔、克拉默（过渡）和库尔茨之后，霍芬海姆2012-13赛季的第4任主帅，而库尔茨则是该赛季德甲第9位下课主帅。

吉斯多尔来到霍芬海姆时，球队士气低落，在赛季还有7轮结束时排名第17，距离倒数第3的奥格斯堡还有4分差距。吉斯多尔带队7场拿到11分虽然不算优异，但最后一轮在客场0比1落后多特蒙德的情况下，绝境逢生，连续逼得两个点球，2比1获胜的他们硬是抢到附加赛席位，接着霍芬海姆在吉斯多尔的率领下，在附加赛中击败凯泽斯劳滕，幸运地留在了德甲，吉斯多尔顺理成章地留任。两个赛季，霍芬海姆分别获得德甲第九与第八名。