吉林大学南方研究院是吉林大学的直属学院，下设8个研究中心和1个国家重点实验室，分别是东北亚研究中心、边疆考古研究中心、数量经济研究中心、理论法学研究中心、中国国有经济研究中心、哲学基础理论研究中心、政治学理论研究中心、技术经济与管理研究中心和无机合成与制备化学国家重点实验室（珠海分实验室）。南方研究院共有在校博士研究生61名，统考硕士研究生13名，单独考试硕士研究生193名。