文化大革命期间，吉林文庙遭到了严重破坏。

1985年，国家、省、市先后拨款340余万元人民币对吉林文庙进行了修葺。

1990年9月28日，以吉林文庙为馆址成立了吉林市文庙博物馆，并正式对外开放。

1991年5月，在大成殿内重塑孔子、四配、十二哲人泥塑像十七尊。

1995年，在吉林文庙第一进院落修建了东北第一座碑林——吉林碑林。

2007年，拆除了三进院落70年代修建的与崇圣殿并列相距不足两米的两层办公楼，消除了重大火灾隐患。同年9月，接管了吉林文庙西墙外（原吉林文庙文昌宫旧址）文化管理办公室（旅游超市），整修后二楼一部分（400多平方米）作为吉林市文庙博物馆办公场所。

2009年6月，修建了吉林文庙文化广场，采纳吉林市文庙博物馆的“修旧如旧”建议，广场撒土0.6米，恢复了吉林文庙照壁原有的高度。同年7月，制作了国家级重点文物保护单位吉林文庙保护碑（石质），立于吉林文庙西辕门南侧。此外，为保护古建筑，撤出了中路两侧的树木，扩宽了院内的甬路一倍。

吉林市文庙博物馆建筑面积2997.12平方米，占地面积16354平方米。吉林文庙是皇帝御批兴建的纪念孔子的庙宇，也是一组具有东方建筑特色的古典建筑群，其建筑仿皇宫之制，占地16354平方米，东西宽74米，南北长221米，有殿堂配庑64间，大成门、大成殿、崇圣殿三大主体建筑坐落在一条中轴线上，两侧辅助性建筑呈对称状排列，四周由3米高红墙环绕，正门前为长40米，高5米的照壁。

吉林市文庙博物馆现有基本陈列五个：《大成殿孔子、四配、十二哲人十七尊塑像及祭器、乐器陈列》《孔子圣迹陈列》《中国历代科举制度陈列》《吉林碑林》《江城学子展览》。

《大成殿陈列》是1990年至1996年历时六年完成的，孔子、四配、十二哲人塑像前供案上陈列的祭器有：

鉶、簠、簋、笾、豆、爵、尊、镫等礼器。乐器有：编钟、编磬、琴、瑟、笛、笙、排箫、萧、篪、埙、柷、等，总计近400件。大成殿的匾额有康熙题“万世师表”（皇宫赐）、雍正题“生民未有”（雍正皇帝赐）、乾隆题“与天地参”、嘉庆题“圣集大成”、道光题”圣协时中“。

《孔子圣迹陈列》是在1990年制作的《孔子生平事迹展览》的基础上，于1998年设计制作完成。展览从内容到形式均做了较大的突破，《孔子圣迹陈列》在中国同类陈列中趋于领先地位，展览由“家世”“志于学”“创办私学”“从政”“周游列国”“著述”“思想学说”、“孔子在国外的影响”八部分组成，概括地介绍了中国古代伟大的思想家、政治家、教育家孔子一生的主要经历和业绩，特别突显了孔子的思想学说在世界的巨大影响。在内容上力求以科学研究的态度给孔子以应有的历史地位、合理的评价。在形式上采用质朴简洁的艺术手段，形成了陈列古朴典雅的艺术格调。

《中国历代科举制度陈列》通过大量的文献资料介绍了中国科举制度从产生、发展、鼎盛到衰亡的过程及其原因。展览由“科举制度的沿革”“童试”“乡试”“会试”“殿试”“吉林地方科举”六部分组成，展示了封建社会读书人考秀才、中举人、成进士及至有幸跻身鼎甲的艰辛历程。《中国历代科举制度陈列》使用了珍贵的文物和大量的历史文献资料，其中，有明万历戊戌科状元赵秉忠（官至礼部尚书）和清乾隆甲戌科榜眼王鸣盛（清著名经史学家，著有《十七史商榷》）的殿试全卷；清乾隆时期的宰相刘墉和吉林满榜状元麻乐吉的进士题名碑拓片；“白山书院”匾额为国家二级文物；吉林三杰宋小濂的书法作品条幅一对。陈列前厅是由吉林省著名油画家贾涤飞的巨幅壁画。展览使用了大型贡院模型以及同比例号舍模型和蜡人两个。整体陈列中的绘画艺术、书法造诣、陈列手段堪称上乘。

《东北第一座碑林——吉林碑林》位于吉林文庙第一进院落东侧，修建于1995年，首批遴选精品碑碣34通，分为五大类：祠堂碑、寺庙碑、德政碑、神道碑、记事碑。碑林中有来源于完颜希尹墓地前的金代石雕羊、石雕虎各一只，均为国家一级文物；《盛京将军依克唐阿御制祠堂碑》为国家三级文物；清康熙初年创建宁古塔副都统（后任盛京将军）安珠湖墓碑，以及数位将军的德政碑，其中不乏抵抗外侮，勤政为民的封疆大吏和地方文武官员。由吉林近代名士（吉林三杰之一）成多禄书的几通碑，书法堪称上乘。还有部分著名庙宇、会馆的始建碑、重修碑。这些具有重要文物价值的碑碣，从不同侧面反映出清代及民国初年吉林地区的政治、经济、文化、民俗、人口迁徙、征战、自然灾害等方面的情况，这些碑碣在书法艺术上，真草隶篆荟萃了几代名家手笔；从内容上，琳琅满目，记录了人间史料事迹，是历史的定格和记录。又因多数碑文未见诸文字记载，故更具历史价值。

吉林市文庙博物馆专题陈列有：1991年制作的《汉白玉石刻圣迹图》108幅陈列，它是以石刻连环画的形式记述了孔子一生的主要事迹。把孔子一生的主要活动惟妙惟肖地展示于画面之上，是中国第一本有完整故事的连环画，其中有大家耳熟能详的“宋人伐木”、“苛政猛于虎”等，具有一定的历史价值和艺术价值。

《历代衍圣公及其夫人绢质肖像陈列》是1992年复制的孔府旧存中很有特色的一组文物，是孔子的嫡孙和他们的夫人的肖像，始至六十一代衍圣公孔弘绪（1448—1504年），终至七十六代衍圣公继配陶夫人（1879—1930年）。延人十六世，延时四百年，保存之丰，延时之久，都是无与伦比的。由于孔子是几千年来中外闻名的大学者、大教育家，从汉代开始历代统治者都崇奉孔教，自宋朝开始将孔子的嫡裔袭封为衍圣公，从宋朝宋仁宗封孔子四十六代孙孔宗愿为“衍圣公”，直到七十六代孔令贻，这一封号子孙相继整整承袭了三十二代，历时八百八十余年。据史料记载“衍圣公”是封建社会享有特权的大贵族，五代时期相当于五品官；元代提升为三品；到了封建社会末期，其地位扶摇直上，明初是一品文官，地位仅次于丞相，“班列文官之首”，到了清代衍圣公不但班列阁臣之上，还在紫禁城骑马、在宫中御道上行走，并可以和皇帝并行，陪圣上视察学务。衍圣公肖像蟒袍玉带，正襟坐立，形肖神似，仪态生动，具有较高的艺术和观赏价值。

《东北三大怪展览》是2006年原创性展览。展览以创新意识拓展东北民俗文化的研究，“东北三大怪”民谣家喻户晓，流传久远。三大怪展览的创意，从一首民谣的角度折射出中华各民族早期文化的交融性，东北民族间的共性习俗与中原地区习俗的差异特点。展示东北各族先民在严酷的自然气候、艰苦的地理环境下繁衍生息，顺应生存条件的制约而形成独特的社会生活风情。其展览主旨为演绎逝去的悠悠岁月，留住民族的文化财富。

从1990年9月28日开馆以来已展出各类临时展览百余个，诸如：《秦始皇兵马俑展》《萨满文化民俗展》《中国古建筑工艺展》《东北首届根雕艺术展》《吉林市百年沧桑图片展》《吉林市地方党史展》《周恩来生平事迹展》《邓小平生平事迹展》《首届消防安全教育展》《从皇帝到公民图片展》《生殖与健康展》《青春期教育展》《红岩魂、白公馆、渣滓洞革命斗争史实展》《反思警惕启示—劫难与辉煌大型图片展》《一个中国—台湾问题与现实图片展》《迎回归—澳门图片展》《共产党员先进性展》《科普知识展》《让我们一起认识宇宙展》《地球的呼唤―环境保护展》《中小学生小制作、小发明展》《无锡惠山泥人展》《第五届集邮展》《吉林市解放五十周年摄影展》等等。

2009年9月26日，为纪念孔子诞辰2560年，推出了《论语百章》书法展。108位书法家亲书的I08条论语书法作品，分为27个专题，每个专题4条。书法展览得到了社会各界特别是广大的书画爱好者的广泛欢迎。吉林市文庙博物馆设计推出的各类陈列展览文化内涵丰富，深受各阶层观众的喜爱。

吉林市文庙博物馆藏品来源有吉林文庙院内、地下和周边地下所藏以及征集、移交等途径，藏品类别主要分为历史类、艺术类、照片类、石碑类等类别。据中国博物馆志显示，吉林市文庙博物馆藏品总计1134件，其中国家一级藏品2件，二、三级藏品2件，其余为参考藏品。截至2019年末，吉林市文庙博物馆有藏品970件/套，其中珍贵文物6件/套。

吉林市文庙博物馆的重要藏品有金代石雕羊、石雕虎各一只（来源于完颜希尹墓地前，1994年由吉林市博物馆移交吉林文庙），均为国家一级文物；1994年《白山书院》木制匾（由吉林市北山园林处移交吉林文庙），为国家二级文物；1995年征集的《盛京将军依克唐阿御制祠堂碑》为国家三级文物。

吉林文庙地处北方，恶劣的自然环境给古建保护带来了诸多困难，防火、防盗、防自然灾害是吉林文庙保护的重中之重。针对古建筑的特点，吉林市文庙博物馆研究制定了合理的古建文物保护措施，力争达到最佳保护效果。

吉林市文庙博物馆辟有独立的文物库房，监控设施、避雷设施齐备，对各类文物进行了较为科学合理化的管理。

吉林市文庙博物馆在确保吉林文庙万无一失的前提下，挖掘文庙独有的资源，形成了集弘扬传统文化、观瞻接待、儒学研究、文化活动于一体的业务工作发展全新模式。吉林市文庙博物馆积极通过网络、广播、电视、平面媒体等手段广泛宣传吉林文庙，全面介绍吉林文庙历史、文化、科学、艺术价值，并借助陈列展览和大型文化品牌活动，最大限度地发挥“两个基地”的作用，在保护文化遗产，弘扬传统文化方面做出了积极的努力。

吉林市文庙博物馆深入到各学校，部队，机关，播放爱国主义教育片《红旗下的思考》《国旗颂》。并流动展出了《劫难与辉煌图片展》《吉林市首届消防教育展》《保持共产党员先进性展》《澳门回归图片展》《地球的呼唤―环境保护展》等展览。

吉林市文庙博物馆积极组织公益性文化活动：开展了吉林文庙“博物馆之友”活动，发展会员1100人；为筹集善款举办了“为残疾儿童献爱心”；向军烈属、一线建筑工人赠送门票；举办“孔子文化周”；“文化庙会”；“文庙游园会”；“京剧茶社”；“消夏评书晚会”；大学生“孔子论题答辩会”；“青年联谊会”；“社区联谊会”以及与街道、社区、学校、部队共建教育基地活动；开办“第二课堂”，编写英烈事迹到学校演讲；假期“小小讲解员培训班”；“假日书屋”；“文学沙龙”；“外语角园地”；小学生“文化沙龙”；“美在我心中”青少年美育活动以及“爱祖国爱家乡一日游”；“修学夏令营”；重阳节“尊老、敬老、爱老”活动；“孔子进校园”等等。

吉林市文庙博物馆为弘扬中华传统文化，着力开展了“三节”文化系列品牌活动，多次举办“书画界名人笔会”。2006年开始连续举办正月十五的“欢天喜地打灯谜”科技、文化万条灯谜有奖竞猜活动，年参与人数达5万余人。2007年起，每年组织“佳联妙对迎新春”为主题的“吉祥春联对对碰”、“锣鼓喧天送春联”系列活动，组织市民彩车队，敲锣打鼓为吉林市政府送春联，吉林市政府领导为老党员、军烈属、五保户、敬老院、福利院送春联，表达了“人民政府人民爱人民政府爱人民”的情怀。每年年底展出《中国年俗知识展》。举办了“文化赶集庆新春”、“吉祥活动伴你游”等项活动。如今，在吉林市市民到吉林文庙过“文化大年”已渐成惯例。丰富多彩的文化活动吸引着各阶层民众光临吉林文庙。为扩大吉林文庙影响力，在《中外文化交流》刊物上（英文版）发表吉林文庙及吉林文庙大型祭孔活动的图片和介绍文章，发行范围为180个国家和地区，吉林文庙蜚声海内外，声誉与日俱增。

吉林市文庙博物馆每年在孔子诞辰日（9月28日）举办大型祭孔祀典，在吉林文庙大成殿月台上举行隆重的古代祭孔乐舞“八份舞”表演，再现古代祭孔盛况，使观者身临其境地领略了古代祭孔“八份舞于庭”的壮观场面。参加祭孔的各阶层人士日益增多，在表达对先师孔子崇敬之情的同时，推进了“尊师重教”风气的形成。

2009年9月28日吉林文庙与山东曲阜孔庙联合祭孔大典更是盛况空前，在尼山“夫子洞”“圣水谭”前举行了庄严肃穆的采集“圣土圣水”仪式。吉林市五大班子亲临吉林文庙祭孔大典现场，恭迎“圣土圣水”仪式盛大而隆重，市委主要领导亲手接过“圣土圣水”奉祀在孔子圣像供案上。中央电视台及各大媒体进行了广泛的报道。

吉林市文庙博物馆针对不同年龄段学生设计了利于学生健康成长的大型文化品牌仪式。举办的“放飞梦想收获希望”吉林文庙奖学助学活动，使更多的优秀学子树立起高远的人生目标，“吉林文庙英才奖”使一些品学兼优却家庭困难的优秀学子圆了大学梦。

吉林市文庙博物馆策划的学前儿童“开笔礼”仪式，使众多蒙童在新颖的仪式中体会到“尊师重教”的重要性和严肃性。

吉林市文庙博物馆为高中生设计的“成人礼”仪式，使数干学生在庄严仪式中意识到了自身所肩负的家庭、社会、祖国的责任，并深切地感悟到做人的道理与原则。

1992—2001年吉林市文庙博物馆组织参加吉林省“讲解员大赛”；2001年参加《吉林地区导游大赛》获总分第一名；2002年参加《吉林省景区优秀导游词创作比赛》获优胜奖；2002年参加吉林市《庆“三八”巾帼英雄事迹讲演比赛》；2004年参加吉林省文博系统讲解员大赛；2009年参加吉林省“伪满皇宫杯”讲解员大赛。

吉林市文庙博物馆重视文物保护和利用工作，将古建筑群作为珍贵文物加以保护，并在保护的前提下开发和利用，进行相应的研究工作。在设计制作各类大型陈列展览的同时，推出了一系列大型文化品牌活动。吉林市文庙博物馆聘用的专业人员中，有研究员1名、副研究员5名、馆员8名，专业结构基本合理，在古建维护和儒学研究以及各项业务工作中发挥着积极的作用。

吉林市文庙博物馆自建馆以来，出版发行儒学思想研究及古建筑研究方面的论文集4册，在国际、国内发表论文近百篇，其中获得国家、省、市级优秀论文一、二、三等奖近30篇，多次参加国际儒学研讨会，并在大会上做专题发言。策划制作的汉白玉石刻《孔子圣迹图陈列》获省级优秀设计奖，美术专业人员被评为国家十把金剪刀之一，其剪纸作品百余幅分获国家金、银、铜奖。

1998年，吉林市文庙博物馆成功承办了“中国孔庙保护协会第四届年会”。

1997年，吉林市文庙博物馆发起成立吉林市孔子研究会，积极开展学术活动，以“古典诗词研习班”的形式持续开展公益性的讲座。

2007年5月1日，吉林市文庙博物馆在“古典诗词研习班”的基础上开办了以“光大国学、启迪民智、传承文明、促进和谐”为宗旨的“国学大讲堂”，进行公益性每周一次的讲学活动，不定期地开办大型广场讲学。

2009年5月1日，“五·四”青年节当天，国学大讲堂以“大学生应肩负起祖国、社会、家庭责任”为题，组织各学院大学生来吉林市文庙博物馆聆听讲座。

2009年8月1日，建军节当天，吉林市文庙博物馆深入到驻吉林市部队进行国学讲座，受到官兵的欢迎。同年9月，组织了“儒学论谈”。

吉林市文庙博物馆作为中国孔庙保护协会的会员单位，不断拓展对外的交流与合作。

1998年，吉林市文庙博物馆为加强与各地孔庙间的交流，扩大吉林文庙的知名度，成功承办了“全国孔庙第四届保护年会”。积极参加全国孔庙保护年会历届年会。两次参加在中国香港举办的“国际儒学研讨会”，并提交了论文。多次参加中国山东曲阜国际儒学大会，并在大会上做专题发言。

2009年，在杭州举办的“中国孔庙保护协会第十二届年会”上，吉林文庙博物馆做了重点发言，递交的吉林文庙“关于全国孔庙同一时间祭孔”的提案得到大会采纳。

吉林市文庙博物馆为长春文庙成功策划了大型祭孔仪式，盛大的祭孔祀典在长春市引起轰动。此后，两地孔庙交流与合作频繁，在增进友谊的同时，促进了两地文庙的共同发展。

吉林文庙与山东曲阜孔庙的联系频繁，山东曲阜孔庙给予吉林文庙以多方面的支持。曲阜孔庙为吉林文庙在尼山举行了庄严肃穆的采集“圣土圣水”仪式，并派员一路护送“圣土圣水”至吉林文庙。

2009年9月28日孔子诞辰日，在吉林文庙的祭孔大典上，举行了隆重的恭迎“圣土圣水”仪式，弥足珍贵的“圣土圣水”永世奉祀在了吉林文庙大成殿内。

吉林文庙与北京孔庙、韩国成均馆孔庙、哈尔滨文庙、南京夫子庙、苏州文庙、嘉定孔庙等各地孔庙进行了广泛联系与交流。重视引进各地博物馆临时展览。引进《秦始皇兵马俑展》《劫难与辉煌展》《一个中国—台湾问题与现实展》《澳门回归展》等等，并组织了《中韩书画展》到韩国展出。

吉林市文庙博物馆积极组织学术交流活动，聘请外地专家学者多次来吉林文庙讲学，频繁进行学术交流活动，同时也受邀委派学者到外地讲学，相互交流。吉林文庙和吉林市北华大学等近十所学校建立了基地关系，积极促成了将吉林市第二十三中学易名为“吉林市孔子中学”。各重点中学将一年两次到吉林文庙进行修学活动列入了学校社会实践必修课课程，北华大学的博士不定期的到吉林文庙“国学大讲堂”进行公益性讲学，受到广大国学爱好者的欢迎。

吉林文庙是皇帝御批兴建的纪念孔子的庙宇，中国四大孔庙之一，同时也是东北地区建筑年代最早、建筑等级最高、保存最完整的一座清代建筑群，在全国享有极高的盛誉。

1961年，吉林文庙被吉林市人民委员会公布为吉林市重点文物保护单位。

1987年，吉林文庙被吉林省政府公布为吉林省重点文物保护单位。

1991年，吉林市政府命名吉林市文庙博物馆为“爱国主义基地”。

1996年，吉林市政府命名吉林市文庙博物馆为“德育基地”。

2006年5月25日，国务院批准吉林文庙为第六批国家级重点文物保护单位。

2009年，吉林文庙被中国孔庙保护协会评为“孔庙保护先进单位”并多次被各级保护部门评为“文物保护先进单位”。

吉林市文庙博物馆的历任馆长为潘学友（1990.1—1990.12）、仇起（1990.12—1995.3）、唐淑兰（1995.3—2002.4）、宋耕（2002.4—2004.4）、李冰（2004.4—2005.1）、马文亮（2005.1—2009.7）、王庭良（2009.7至今）等。

吉林市文庙博物馆是全民事业单位。

吉林市文庙博物馆由政府全额拨款。

吉林市文庙博物馆设有陈列保管部、宣教部、办公室、保卫科4个部门。

吉林市文庙博物馆人员编制数32人，2009年底在岗31人。专业技术人员20人，行政后勤12人。

吉林市文庙博物馆为观众提供了纪念品专柜、接待室、洗手间等配套设施。年观众17万余人次。

吉林市文庙博物馆位于吉林省吉林市昌邑区文庙胡同南昌路2号。

8:30—16:30。

15元。

吉林市文庙博物馆附近的公交站：贸易大厦、新亚商厦（焦作老凤祥银楼）、新亚商厦、大厦西口、市五官医院、市五官医院、大厦南门、五官医院、新亚商厦、新华街口、新亚商厦、大杨树商业街、民族幼儿园、大厦西口、新华街、新华街口（同济妇科医院）。

吉林市文庙博物馆附近的公交车：26路、30路、31路、18路、20路、24路、36路、11路、14路环线、15路环线、16路、17路、27路、9路、21路、28路、38路等。