同济大学化学系历史悠久，成绩卓著，首任院长为王葆仁先生，曾经涌现出众多的优秀师生，曾经在该系任教或就读的中科院院士有唐有祺、卢佩章、黄志镗、曹楚南、邓景发、戚正武等。

1952年，院系调整，化学系并入复旦大学、华东化工学院等高校。1953年，同济大学成立化学教学小组，承担基础化学课程的教学任务。1958年起，又重办应用化学专业，1958~1964年间连续招收和培养了三届应用化学专业学生；后因国家整体经济调整，停办应用化学专业。1982年，同济大学重建化学系，开始重新招生，设立应用化学专业。改革开放以后，化学系得以恢复，学科建设发展迅速，在科研和教学均取得了长足的进展。九十年代以来相继获得了分析化学、无机化学、有机化学、物理化学、应用化学等硕士点，2003年获得了无机化学二级学科的博士学位授予权，2006年又取得化学一级学科博士学位授予权，经过几代化学人的共同努力，化学系学科建设取得了重大突破，为新一轮的发展奠定了坚实的基础。