敦明亲王主动辞去太子后，藤原道长立后一条天皇的同母弟敦良亲王为太子，打破以往的继承惯例，冷泉天皇一系被排除在皇统之外。

1018年，后一条天皇才11岁，便为他举行成人仪式。藤原道长把女儿威子送入后宫，威子是后一条天皇的生母的胞妹，年龄整整比他大了9岁。这样，后一条天皇既是藤原道长的外孙，又是他的女婿。后一条天皇在位21年，前几年由藤原道长执政，后期由他的儿子藤原赖通掌权。藤原道长的三个女儿分别为太皇太后、皇太后和皇后。 后一条天皇与威子之间仅生有两名内亲王，没有皇子。

1027年，藤原道长去世，他的儿子藤原赖通任关白。1036年，年轻的后一条天皇于二十九岁便驾崩，并依据其遗诏，秘不发丧，举行让位给弟弟敦良亲王（后朱雀天皇）的仪式。