该教堂为欧式建筑，建于1937年，原属基督教美国南浸会（简称美南浸信会），本是教会所属的一个诊所。1937年日军侵占济南，并把济南划分为“商埠区”和“城外区”两个区，“商埠区”为城内，“城外区”为南关、东关、北关等。在老城区的基督教信徒到城外的教堂做礼拜出城时，根据日军的规定要向守城的日本人行礼，信徒觉得心理上难以接受，于是教众商议在老城区建一座教堂。当时在济的美国信徒May出资一万元，在教会诊所的基础上又买了两处民宅，建造了礼拜堂，当时的礼拜堂东西宽10米，南北长15米。教堂建成后，由美国南浸会教士拿约翰主持教堂事务。

新中国成立，美国教士撤走以后，由中国牧师接管教堂事务。1958年下半年因教会实行联合礼拜，该教堂停止了聚会。1964年重新开放。直到文革开始，教堂一直在正常举行宗教活动。文革期间教堂被迫关闭，成为某机关宿舍。1985年政府将教会房产返还，于1986年4月的复活节恢复了宗教活动。1993年4月教会将礼拜堂进行改造，成为如今这种两层礼拜堂的格局，可容纳约600人。由于后宰门教堂地处泉城东部文化区，经常接待来济访问的国外基督教团体，居住在济南的外国信徒也常来此聚会。