原本迎娶高松宫好仁亲王之女明子女王为妃，准备继承高松宫，但因为其兄后光明天皇猝逝，于是在后光明天皇的养嗣子识仁亲王长大之前，由良仁亲王暂时继承皇位。1654年，良仁亲王即位，成为天皇；而于1663年，让位给识仁亲王。其在位其间大约有十年之久。

后西天皇在学问方面有所成就，他有和歌的才华，对古典文学造诣深厚，有著作《水日集》传世。但在他的在位期间当中，却又相继发生明历大火与伊势神宫、大坂城等等火灾事件，各地方也多有地震、水灾等事件，因此当时的人民责备是天皇没有德行才导致天灾人祸不断，使他决心让位。也正是因为这些事件，他复制朝廷各种记录，以防备火灾，可谓其贡献。1685年过世，葬于月轮陵。

由于他承继其兄皇位后，又让位兄长的嗣子，在遭遇上与淳和天皇很相似，而淳和天皇又有「西院之帝」的称呼，因此他被追封为「后西院天皇」。明治时代以后，废除了院号的使用，因此「后西院天皇」的称呼被改为「后西天皇」。