1895年，父亲吕凤岐去世，母亲严氏从京城回乡处理祖产，族人因为觊觎吕家家产，唆使匪徒将母亲劫持。由于吕家一门生四女，并无男子，族人便以其无后继承财产为名，巧取豪夺，霸占吕家财产，后经父亲朋友樊增祥帮忙，母亲才脱困，随后母亲严氏带着四个尚未成人的女儿投奔在塘沽任盐运使的哥哥严凤笙。

吕坤秀先后在吉林女子师范学校、厦门女子师范学校任教。她的姐姐们也都从事教育工作。郑逸梅的《艺林散叶》记载：“清末民初，吕惠如任南京女子师范学校校长，吕美荪任奉天女子师范学校校长，吕碧城任天津女子师范学校校长，吕坤秀任厦门女子师范学校教师，姐妹四人，同事教育工作。”“旌德一门四才女”成为当时广为传赞的美谈，为时人所称羡，也是中国近代教育史上的佳话。

吕坤秀为侍奉家母，终身未嫁。27岁病卒于厦门女子师范学校。生前诗稿在沪，被窃亡佚。惟其父《静然斋杂著》后附诗九首。《安徽名媛诗词征略》录其诗二首。诗集《灵华阁诗稿》、《撤珥集》均已散佚。